Аббатство было создано приблизительно в 780 году епископом Кура[1][2] , предположительно, по приказу Карла Великого[2]. Оно было построено примерно в одно время с монастырями Кациса, Мистаиля, Пфеферса и Дисентиса. Аббатство было основано в долине Валь Мюстаир, через которую проходил путь через перевал Офенпасс из Италии в Энгадин, и было укреплено, чтобы контролировать этот горный проход. В 881 году аббатство полностью перешло под контроль епископа Кура.

Около 800 года перед монастырским кладбищем была построена часовня Креста. В течение первых лет существования аббатства, в начале XI века, в церкви был изображён ряд фресок. В дальнейшем, в XI—XII вв., поверх старых фресок были нанесены новые изображения. Первоначальные изображения были скрыты, и снова обнаружены только в XX веке.

В X веке к церкви аббатства была пристроена башня. В течение XI века епископ Кура увеличил свою резиденцию в монастыре. Был построен ряд новых зданий, в том числе жилая башня, клуатр, двойная часовня святых Ульриха и Николая. Двухэтажная резиденция епископа была отделана барельефами стукко и фресками[1]. В XII веке монастырь на некоторое время стал женским. Преобразование аббатства в женский монастырь впервые упоминается в 1167 году, но фактически это произошло несколько раньше[2].

Швабская война, во время которой Габсбурги пытались установить контроль над Граубюнденом и ключевыми альпийскими перевалами, началась именно здесь[3]. 20 января 1499 года войска Габсбургов оккупировали долину и разграбили монастырь, но вскоре, после битвы при Кальвине (нем. Calvin), были потеснены силами Трёх союзов (нем. Drei Bünde). После этого столкновения между Габсбургами и Швейцарской конфедерацией было заключено перемирие. Однако это перемирие продлилось всего несколько дней, вспыхнул новый конфликт между войсками союзников конфедерации и Габсбургов. Эти стычки быстро переросли в Швабскую войну, которая завершилась в сентябре 1499 года Базельским миром, предоставившим Швейцарской конфедерации относительную независимость[3].

Около 1500 года монастырская церковь была перестроена из однонефной, в стиле Каролингов, в трёхнефную в позднеготическом стиле. Вскоре после этого, в 1524 и 1526 годах, Иланцский договор ослабил светскую власть епископа Кура, и уменьшил финансовую поддержку монастыря. Это ограничило дальнейшее строительство монастыря.

После Тридентского собора с 1600 год а по 1614 год епископ произвёл ряд реформ, регулирующих церковную жизнь. Реформы определяли допущенных к таинствам, также благодаря им при монастыре была построена новая пивоварня. В это время также был смягчён ряд других требований к монахам, включая требования к общим помещениям для сна.

В настоящее время монастырь Святого Иоанна в Мюстаире является женским монастырём. В 1992 году здесь проживала Светлана Иосифовна Аллилуева, дочь Сталина[источник не указан 1409 дней].