На рубеже второго—первого тысячелетий до н. э. здесь сформировалось государство Хадрамаут со столицей в Шабве. В IV веке химьяриты завладели государством Хадрамаут и включили его в состав своего царства.

Приход на территорию Хадрамаута арабов привёл к распространению арабского языка и ислама (1-я половина VII века). Хадрамаут был в числе первых районов, где распространилось движение хариджитов (VII—VIII вв.).

В 1035 году основана Мукалла[1] как рыбацкое поселение. До середины XI века эта область входила в состав Омана, а затем в состав йеменских государств. В начале XIX века на территорию Хадрамаута вторглись ваххабиты.

Освоение территории Южного Йемена Британской Ост-Индской компанией началось с захвата в 1832 году порта Аден, в дальнейшем служившего базой на морском пути в Индию. В 1839 году Великобритания приобрела город-порт Аден, так как он являлся важным стратегическим пунктом. С открытием Суэцкого канала значение этого форпоста возросло (Канал открылся для судоходства 17 ноября 1869 года).

Куайты (англ. The Qu’aitis) — сыновья Умара бин Авадх эль-Куайти (англ. Umar bin Awadh al Qu’aiti), который стал младшим офицером в вооружённых силах Низам Хайдерабадского государства (англ. Nizam of Hyderabad State) (сейчас в Индии). Сыновья вначале отобрали город Шибам у своих противников Катирисов (англ. Kathiris) правителей султаната Катири в 1858 году. Позднее, в 1866 году, они завоевали Эш-Шихр. С ноября 1866 по май 1867 Эш-Шихр был оккупирован султанатом Катири (англ. Al Kathir). С мая 1867 город Эш-Шихр был отвоёван у Катирисов и стал частью султаната Куайти (англ. Qu’aiti Sultanate). В 1881 году Куайти завоевали Эль-Мукаллу (англ. Al Mukalla), почти полность заменив Катирисов в контроле большего части побережья Аденского залива на территории Хадрамаута (англ. Hadhramaut). 10 ноября 1881 года государства al-Shihr и al-Mukalla были объедеднены и это государство стало называться ash-Shihr Wa´l Mukalla (Quaiti Sultanate of Shir and Mukalla). Город Мукалла становится главным городом султаната аж до 1967 года.

В 1888 году Великобритании удалось установить протекторат над княжеством Куайти (англ. Quaiti Sultanate of Shir and Mukalla).

В 1888 году Великобритании удалось установить протекторат над княжеством Куайти — крупнейшим на территории Хадрамаут.

В 1902 году Куайти становятся единым султанатом который становится частью протектората Аден Великобритании и с 1902 года именуется Sultanate of al-Shihr and al-Mukalla (Saltanat al-Shihr wa al-Mukalla al-Qu`aytiyya).

В 1918 году Великобритания установила протекторат над княжеством (султанатом) Катири.

В конце 1930-х годов, после заключения «мира Инграмса», Хадрамаут вошёл в состав Восточного протектората Аден Великобритании. По окончании Второй мировой войны Южный Йемен был административно разделён на западную и восточную часть (Хадрамаут), причём тамошним султанатам была с 1942 года предоставлена почтовая автономия — право на выпуск собственных марок с указанием принадлежности к протекторату Аден.

Обилие дешевых импортных товаров препятствовало развитию местной промышленности, которая была представлена в основном ремесленно-кустарными предприятиями, большинство которых находилось в Адене.[2] Объём продукции предприятий колонии был невелик.[2] За пределами Адена из промышленных предприятий заслуживали внимания лишь небольшая рыбоконсервная фабрика в Мукалле и два хлопкоочистительных завода — в Абьяне и Лахдже.[2]

Под влиянием проводимой Гамалем Абдель Насером политики, направленной против британского колониального господства на Ближнем Востоке, в Адене начало зарождаться антибританское движение, пока ещё не проявляющее себя. Вслед за созданием Объединенной Арабской Республики (сознада в феврале 1958 года), Насер предложил Йемену примкнуть к союзу арабских государств, что поставило под угрозу существование Аденского протектората.

Сознавая к концу 1950-х годов неизбежность ухода из региона, британцы противопоставили этим планам свой план — Британскими властями было принято решение об объединении отдельных южнойеменских княжеств под английской короной. В феврале 1959 года под их патронатом на территории шести княжеств западной части протектората Аден была создана Федерация Арабских Княжеств Юга (в которую вошли 6 княжеств Западного протектората), куда в 1961—1964 годах поэтапно вошли ещё одиннадцать единиц. В 1961 году к ним присоединись ещё 10 княжеств (султанатств). В апреле 1962 года получившееся образование Федерация арабских княжеств (султанатов) Юга было названо Федерацией Южной Аравии (ФЮА)(англ.: Federation of South Arabia). В январе следующего 1963 года ФЮА была слита и с колонией Аден. В 1964 году добавилось ещё одно княжество (султанат).

Однако на востоке султанаты Катири и Куайти изъявили желание не вступать в Федерацию Южная Аравия, рассчитывая создать прочную экономическую базу и затем заявить о своей независимости. Предложения этим султанатам Хадрамаута присоединиться к федерации были, правда, ими отвергнуты. Нефедерированным решил остаться и султанат Верхняя Яфа. Они формально продолжали быть частями протектората Аден и вошли в Протекторат Южной Аравии (Protectorate of South Arabia) состоял из государств, имевших договор о защите с Великобританией. Протекторат Южной Аравии создан 18 января 1963 года из тех областей Аденского протектората, которые не вошли в Федерацию Южной Аравии. Протекторат Южной Аравии состоял из государств Катири, Махра, Куайти и Вахиди Бир Али, располагавшихся на исторической территории Хадрамаут, и государства Верхняя Яфа, которая была частью Западного Протектората Аден.

В 1964 году британским кабинетом министров во главе с Гарольдом Вильсоном всем южноаравийским владениям был обещан уход вооружённого контингента из региона и предоставление независимости к 1968 году при условии сохранения в Адене британской военной базы. Однако затяжная и кровопролитная война, карательные экспедиции британских вооружённых сил против повстанцев марксистских группировок, Национального фронта освобождения (НФО) и Национального фронта освобождения оккупированного Южного Йемена, а также борьба последних между собой и череда терактов всё больше обессмысливали любое дальнейшее военное присутствие Британии и какое бы то ни было её участие в судьбе разделённой страны.

Временное прекращение функционирования Суэцкого канала в ходе Шестидневной войны в 1967 году стало в этом смысле последней каплей. К концу ноября того же года британцы полностью и окончательно оставили Южный Йемен, передав Аден в руки НФО, сосредоточившего к тому времени реальную власть на большей части территории страны.

Федерация Южной Аравии, а также все султанаты востока региона, державшиеся к концу войны только усилиями Великобритании, перестали существовать. Их низложенные правители были изгнаны, больша́я часть служащих прежних режимов подвергнута репрессиям.

17 сентября 1967 года Федерация Южная Аравия была упразднена после того как получила независимость наряду с Протекторатом Южной Аравии став Народной Республикой Южного Йемена 30 ноября 1967 года (30 ноября 1967 года была провозглашена Народная Республика Южного Йемена). Протекторат Южной Аравии распался 30 ноября 1967 года, после чего последовало падение монархий в составлявших его государствах. Территория протектората вошла в новую независимую Народную Республику Южного Йемена. Таким образом вооруженная национально-освободительная борьба народа Южного Йемена привела в 1967 году к освобождению Хадрамаута и включению его в состав независимой Народной Республики Южного Йемена.

К июню 1969 года в победившем НФО верх взяли левые силы, ориентировавшиеся на союз с СССР. Возникла Народно-Демократическая Республика Йемен.

В 1990 году после объединения Северного Йемена и Южного Йемена на условиях Северного Йемена образовалась Йеменская Республика, в составе которой и оказался Хадрамаут.

2 апреля 2015 года боевики Аль-Каиды на Аравийском полуострове (АКАП) ворвались в центральную тюрьму, освободив сотни заключенных, включая двух старших командиров АКАП. Прежде чем взять контроль над президентским дворцом в городе, они напали на центральный банк и захватил 17 миллиардов йеменских риалов и 1 миллион долларов США. Весь город оказался под их контролем согласно их плана создать исламский эмират в более широком регионе Хадрамаут.[3]

24 апреля 2016 года войска саудовской коалиции при поддержке авиации, а также силы верные беглому экс-президенту Мансуру Хади вернули контроль над городом, проведя масштабную спецоперацию. В ходе наступления были убиты более 800 боевиков Аль-Каиды на Аравийском полуострове (АКАП)[4].