В период правления I—II династий (XXX-XXVIII вв. до н. э.) на юго-восточной оконечности острова Элефантина египтянами основывается крепость «Открытые врата», для расширения экспансии на юг[1]. Обнаруженные археологами остатки древних жилищ доисторических эпох подтверждают, что люди селились на этом месте и ранее этого периода.

В административном устройстве Древнего Египта Элефантина относилась к I-му ному Верхнего Египта — Та-сети, и была его столицей в Династический период. В эпоху Нового царства (XVI—XI вв. до н. э.) город подчиняется нубийскому наместнику, и возвращается под власть египтян с приходом к власти саисской династии (правила VII—VI вв. до н. э.).

В 653—621 гг. до н. э.[2] произошёл массовый исход «асмах»[3] стоящих пограничным гарнизоном в Элефантине. Причиной послужило то, что при фараоне Псамметихе I в течение трёх лет гарнизон не сменялся, это вызвало его недовольство и переселение в Куш, под власть кушитского царя[4].

Известно, что во времена Ахеменидского владычества (528—332 гг. до н. э.) в городе находился персидский гарнизон[4]. В VI в. до н. э. на Элефантине существовало еврейское поселение, имевшем собственный храм, посвящённый Яхве. В 411 году до н. э. храм был разрушен египетскими жрецами[5]. Жизнь еврейской общины задокументирована в дошедших до нашего времени Элефантинских папирусах.

С приходом к власти Птолемеев, в Эллинистический период, столицей нома становится расположенный севернее Небит (Небут, греч. Омбос), и Элефантина становится окраинным пограничным городом.