Название острова происходит от семян тмина, который широко распространён на Мальте.

Во времена римского правления на Комино проживали крестьяне, но в течение длительных периодов времени остров был слабо заселён или вообще необитаем[1].

Побережье острова изрезано известняковыми утесами и усеяно глубокими пещерами, которые в Средние века были очень популярны среди пиратов и контрабандистов. Позже Мальтийские рыцари использовали этот остров для охоты и отдыха.

С 1285 года Комино был домом еврейского мыслителя и кабаллиста Авраама Абулафия. Здесь он написал Sefer ha-Ot («Книга Знака») и Imre Shefer («Слова Красоты») — его учебник по медитации[1].

В XVI-м и XVII-м веках Комино служил местом ссылки для рыцарей. Некоторые рыцари, осуждённые за нетяжкие преступления, отправлялись для комплектования гарнизона башни св. Марии.

Сегодня остров является птичьим заповедником.