Матара исторически принадлежит к области, которая называлась Королевством Ругуна, и являлось одним из трех королевств Шри-Ланки. По версии бхикшу Тотагамуве Шри Рагула Тера, король Веерабамапанам сделал Матару своей столицей и назвал ее «Мапатуна». Храм посреди города также был построен древними царями и является очень популярным священным местом у буддистов этого района.

В XVI и XVIII веках Матара находилась под властью португальцев и голландцев.

В 1756 году голландцы захватили Морскую провинцию и разделили ее на четыре административных округа — Сабарагамува, Сат Корли, Сатара Кореле и Матара. Среди этих округов провинция Матара занимала наибольшую площадь (по сути всю Южную провинцию вплоть до реки Калуганга). В документах, которые король Дгармапала передал голландцам, было указано, что территория района Матара простиралась от Шри-Джаяварденепура-Котте до реки Валаве Ганга.

В 1760 году форт был успешно атакован войсками королевства Канди. Форт Матара удерживался в руках сингалов почти один год. В 1762 году голландцы отбили форт Матара без особого сопротивления. После форта Галле форт Матара был вторым по значению фортом для южных морских провинций Голландского Цейлона и командной базой для некоторых внутренних фортов.

В 1796 году форт был торжественно передан англичанам. Голландскую и английскую культуру и архитектуру все еще можно увидеть по всей местности. Маяк Дондра был построен голландцами и считается одним из красивейших и старейших маяков Шри-Ланки. Две крепости, форт Матара и форт Стар, которые были построены голландцами, можно увидеть в городе. Другие важные колониальные памятники архитектуры — церковь Св. Марии и площадь рынка Нуп.

Наиболее известными мыслителями, которые жили в этом районе, были Кумаратунга Мунидаса и Гаджаман Нона. Этническая большинство Матары — сингалы; в течение XVI и XVII веков в этот район прибыли ларакаллы (мавры) как торговцы из Аравии. Сегодня их потомки мирно сосуществуют с сингалами, будучи этническим меньшинством.