По одной традиции (в хрониках, записанных в XVI в. в «Книгах Чилам-Балам») Майяпан впервые упомянут в конце XII — начале XIII вв. в связи с тем, что Хунак Кеель, служивший у правителя Ах-Меш-Кука, был брошен в колодец в качестве жертвы, спасся и сам занял трон. Затем он возглавил восстание против Чичен-Ицы, захватил и разрушил её. В отместку потомки жителей Чичен-Ицы через несколько десятилетий захватили Майяпан. Согласно другой традиции (в «Сообщении о делах в Юкатане» Диего де Ланды), Майяпан был основан мифическим правителем Кукульканом. Между 1263 и 1283 гг. к власти в Майяпане при помощи наёмников, говоривших на науаских языках, пришла династия Коком. Государство Кокомов контролировало всю территорию Северного Юкатана. Опора на чужеземных наёмников вызвала недовольство подвластных правителей, прежде всего династии Шиу из Ушмаля. В 1441 г. Ах-Шупан Тутуль-Шиу поднял восстание, захватил Майяпан и истребил правящий дом, за исключением одного из сыновей правителя, который в это время возглавлял торговую экспедицию на территорию Гондураса. Спасшийся царевич основал новое царство со столицей в Сутутха (совр. Сотута), просуществовавшее до испанского завоевания.

Правители Майяпана из династии Кокомов носили науаский титул котекпан («находящийся во дворце»), их небесным покровителем считался Кукулькан-Кетцалькоатль, культ которого стал обязательным для подчиненных земель. Зависимые правители постоянно жили в столице или имели там своих управляющих — кальваков. Верховный жрец Майяпана носил титул ах-май («тот, кто от даров»).

Руины Майяпана были открыты Дж. Л. Стефенсом и английским художником Ф. Казервудом в 1841 г. Стефенс первым отождествил их с городом, упомянутым у Ланды и в других испанских источниках XVI—XVII вв. Научные исследования ведутся с 1930-х гг. Работы Института Карнеги в Майяпане в 1951-55 при участии ряда ведущих специалистов (в том числе Г. Поллока, Дж. Брэйнерда и Т. Проскуряковой) положили начало комплексному исследованию городов майя, включая изучение церемониальной зоны, жилых кварталов и др. Раскопки возобновлены в начале 1990-х гг., с 1996 г. — мексиканской экспедицией Карлоса Пераса, с 2001 — в рамках проекта по изучению экономики Майяпана (Университет штата Нью-Йорк в Олбани и Национальный институт антропологии и истории).