С начала XI века Мельк был центром власти правящей в Австрии в 976 — 1246 годы династии маркграфов и герцогов Бабенбергов. Здесь находилась главная усыпальница Бабенбергов, а 13 октября 1014 года в Мельк перенесли мощи св. Коломана. Рукописи из монастырской библиотеки указывают на то, что уже при маркграфе Австрии Леопольде I Мельк был своего рода пфальцем, содержащимся пресвитерией, то есть путевым опорным пунктом (дворцом/замком), где останавливались путешествующие особы правящей династии и — реже — высшие церковные чины.

С расширением маркграфства Австрия в северном и восточном направлениях и возникновением новых центров Мельк постепенно утрачивал своё значение, однако по-прежнему оставался усыпальницей Бабенбергов. Во время борьбы за инвеституру (наиболее значительный конфликт между Католической церковью и светской властью в средневековой Европе) маркграф Леопольд II предоставил убежище в Мельке епископу Альтманну Пассаускому, изгнанному в 1085 г. из Пассау за верность папе римскому. Предположительно, именно Альтманн Пассауский оказал значительное влияние на Леопольда II в его решении построить в Мельке на скале, возвышающейся над Дунаем, монастырь. И уже 21 марта 1089 года в только что выстроенный монастырь переселились бенедиктинские монахи из Ламбаха во главе с аббатом Зигибольдом.[1]

В 1122 году монастырю в Мельке была дарована так называемая «экземция» — освобождение от подчинения епископату Пассау, и монастырь перешёл в прямое подчинение папе римскому.

В монастыре был собственный скрипторий, где трудились переписчики. Весьма вероятно, что в XII веке в их числе был клирик (или, возможно, монах или конверз) и поэт-сатирик Генрих фон Мельк (нем.Heinrich von Melk), представитель раннего нововерхненемецкого периода развития немецкого языка.

Сохранились некоторые рукописи, написанные при аббате Вальтере (1224-1227 гг.) (нем. Abt Walther), часть из них содержит цветные миниатюры. Рукописи 1160 года свидетельствуют о том, что в монастыре активно действовала собственная школа.

14 августа 1297 года церковные здания и хозяйственные постройки монастыря были уничтожены сильнейшим пожаром. В огне погибла библиотека, а вместе с ней и бóльшая часть рукописей и исторических источников.

Пожар в монастыре превратил его почти в руины. Усилиями аббата Ульриха II (1306—1324) удалось восстановить только самое необходимое. События XIV века не давали монастырю спокойно развиваться: чума, неурожаи и Великий западный раскол в Римской церкви, длившийся с 1378 года по 1417 год, подорвали монастырскую дисциплину и пагубно сказались на хозяйственной деятельности монастыря.

Некоторый проблеск принесло с собой время правления герцога Рудольфа IV. В 1362 году герцог заказал и подарил монастырю очень дорогой, искусно украшенный крест в качестве оправы для особо почитаемой реликвии: частицы от креста, на котором был распят Иисус Христос, — она была привезена в Мельк маркграфом Адальбертом около 1040 года. Сегодня Мелькский крест (нем. das Melker Kreuz) является главной святыней монастыря в Мельке.[2] Кроме того, герцог перестроил и украсил гробницу св. Коломана.

В начале XV века монастырь Мелька, как и многие другие монастыри этого времени, увяз в долгах, монахи конфликтовали между собой, дисциплина сильно пошатнулась. На Констанцском соборе было решено провести реформу бенедиктинских монастырей, и исходным пунктом этой реформы должен был стать монастырь в Мельке. Аббат бенедиктинского монастыря в Италии Николаус Зейрингер[de] (нем. Nikolaus Seyringer), в прошлом ректор Венского университета, был направлен в монастырь Мелька следить за ходом реформы, и в 1418 году он становится аббатом мелькского монастыря.

Зейрингеру удалось восстановить в Мельке строгую монастырскую дисциплину. Мелькская монастырская реформа[de] послужила началом широкого реформирования церковной сферы. Монахи из других монастырей приезжали в Мельк для изучения опыта реформы. Члены Мелькского конвента назначались аббатами в другие монастыри. Таким образом Мельк стал центром реформы, охватившей Австрию, а затем и всю Южную Германию, затронув и регион Шварцвальд.

В последующий период монастырь, в тесном сотрудничестве с Венским университетом, стал одним из центров культуры. Из стен монастыря вышел ряд известных представителей духовной истории, таких как Пётр фон Розенхайм[de], Иоганн фон Шпейер[de], Мартин фон Сенгинг[en][3], Вольфганг фон Штайр[en][4], Иоганн Шлитпахер[de]). Создавались или переписывались в скриптории богословские, монастические и научные труды. К этому периоду относятся две трети дошедших до наших дней мелькских рукописей.

Однако в экономическом отношении дела обстояли плохо: монастырь продолжал бороться с хозяйственными трудностями. Страну сотрясали гуситские войны и конфликты Фридриха III с дворянством. Монастырь столкнулся с финансовыми требованиями сюзеренов и был втянут в конфликты. В 1482 году венгерский король Матьяш I объявил Австрии войну, которая окончилась победой Венгрии: в 1485 году Матьяш I овладел Веной, ставшей его новой резиденцией. В 1483 году аббат Августин фон Обернальб вынужден был оставить должность, а вместо него аббатом в Мельке стал Вольфганг Шаффенрат, любимец Фридриха III.

В начале XVI века новые расходы принесли с собой Османские войны, которые подорвали экономические основы монастыря. Владения монастыря под Веной были опустошены и обесценились.

Одновременно с этим многие жители близлежащих населённых пунктов, а также владельцы соседних крепостей поддержали Реформацию. Число желающих вступить в католический монастырь в Мельке резко сократилось. В 1566 году насельниками монастыря были менее десяти человек. Монастырь находился на грани полного закрытия.

В 1564 году в Мельк прибыл новый аббат Урбан Пентаз (до 1587 года), с которого и началось возрождение монастыря. Поначалу ему пришлось преодолевать конфликты со светскими официалами, которым было важно сохранить свою власть над монастырём. Против него даже выдвигались обвинения. В конечном итоге ему удалось не только освободиться от этих обвинений, но и получить из Рима официальное утверждение в должности аббата. Он смог заново восстановить хозяйство монастыря и добился того, что в монастырь снова стали вступать многие юноши из Южной Германии. Дело аббата было продолжено его последователями Каспаром Хофманом (1587—1623) и Райнером фон Ландау (1623—1673). Монастырь наконец расплатился с долгами и даже выкупил заложенное имущество, несмотря на высокие налоги, вызванные ведением Тридцатилетней войны и постоянными угрозами со стороны Османской империи. Церковь и монастырь были отремонтированы и отреставрированы, частично построены заново или перестроены. Влияние светской власти все более слабело, а потом было преодолено окончательно. Как и в прежние времена, община монастыря снова процветала, и монахов из Мелька опять начали часто приглашать аббатами в другие монастыри. В конце XVII века была заложена финансовая основа для начавшегося позже нового строительства монастыря в стиле барокко.

Одновременно с этим монастырь становится региональным центром контрреформации. По согласованию с епископатом в Пассау монастырь назначал своих монахов на все церковные должности в близлежащих приходах, чтобы воспрепятствовать распространению лютеранских идей.

Вместе с экономическим подъёмом возродилась литературная и научная деятельность монастыря. В тот период в Мельке жили, занимались исследованиями и писали свои труды Иоганн Тритемий (нем. Johannes Zeller, лат. Ioannes Tritemius) и автор «Мелькской хроники» Ансельм Шрамб (нем. Anselm Schramb). Была расширена мелькская монастырская школа, реорганизованная по образцу 6-классных иезуитских гимназий: учащиеся сначала заканчивали четырёхлетний курс в школе монастыря, а затем переводились на два года в иезуитский колледж (коллегию) в Вене для завершения обучения.

18 ноября 1700 года аббатом был избран тридцатилетний Бертольд Дитмайр[5], который сразу же поставил цель повысить религиозную, духовную и политическую значимость монастыря. Добиться этого аббат намеревался путём перестройки монастыря в стиле барокко. Он пригласил известнейших специалистов.

Проект был разработан зодчим Якобом Прандтауэром, который и руководил строительством в течение 34 лет, до самой своей смерти, последовавшей в сентябре 1726 года, а затем эту миссию перенял его племянник Йозеф Мунггенаст (нем. Joseph Munggenast).

В 1701 году началась реставрация ризницы и грозившего обрушением хора монастырской церкви, но почти сразу после начала работ решили построить новую церковь. Первый камень в её фундамент был заложен в 1702 году. Но тут же было принято решение построить новый монастырский комплекс. До наших дней дошёл план горизонтальной проекции монастыря от 1711 года (нем. Klosterriss).

На должность внутреннего архитектора зданий пригласили венского инженера, театрального архитектора и оформителя Антонио Бедуцци (встречается также написание Антонио Бедуччи) (ит. Antonio Beduzzi или Peduzzi). Лепными работами с 1716 года руководил Иоганн Пёк (нем. Johann Pöckh). Одновременно художник Иоганн Михаэль Роттмайр расписывал потолочные фрески. В строительстве и оформлении участвовали и другие известные художники, как местные, так и приглашённые издалека. Так, фрески в библиотеке и в Мраморном зале создал австрийский живописец Пауль Трогер, за декоративную позолоту отвечал Кристиан Давид из Вены (нем. Christian David).

К 1736 году строительство как монастырской церкви, так и самого монастыря было по существу завершено. Однако в 1738 году монастырь охватил новый сильный пожар, который уничтожил почти все крыши, обе башни и некоторые парадные залы. Бертольд Дитмайр немедленно распорядился о восстановительных работах, но сам до их окончания не дожил (скончался в 1739 году). Завершить восстановление удалось только при его преемниках, несмотря на финансовые и политические препятствия, и в 1746 году в монастыре, наконец, освятили новую монастырскую церковь.

На XVIII век приходится также расцвет научной и музыкальной жизни монастыря. Двое монахов-бенедиктинцев, предшественников Эпохи Просвещения, братья Бернхард Пец и Иероним Пец (первый из них — историк, филолог и библиотекарь, второй — филолог и историк), внесли незаменимый вклад в исследование истории Австрии; их труды имеют непреходящее значение. Большое внимание и уважение вызывали такие музыканты, как композитор и пианист, ученик Йозефа Гайдна Роберт Киммерлинг (Robert Kimmerling (недоступная ссылка)), его ученик священник Мариан Парадайзер (Marian Paradeiser), до конца своих дней преподававший в монастырской гимназии, а также церковный композитор и теоретик музыки, приходский священник Максимилиан Штадлер (Maximilian Stadler). До 1793 г. органистом в монастыре в Мельке был Иоганн Георг Альбрехтсбергер, позже получивший пост капельмейстера Собора св. Стефана в Вене.

В период правления императора Иосифа II, проводившего в Австрии либеральные реформы в духе Эпохи Просвещения, монастырь в Мельке пережил ряд изменений. Следуя идеям просвещённого абсолютизма, Иосиф II проводил реформы, которые полностью подчинили государству католическую церковь, регламентируя её деятельность буквально во всём, кроме вопросов, связанных с вероучением. Эти реформы должны были служить интересам государства всеобщего благосостояния. Согласно его идеям, многие церковные учреждения, например монастыри, не исполняли социальные функции, и поэтому они массово закрывались из-за их ненадобности гражданскому обществу.

По императорскому указу в 1783 году в Мельке было отменено преподавание теологии. Все священнослужители должны были обучаться только в Венской общей (или генеральной) семинарии (Wiener Generalseminar) (Иосиф II учредил двенадцать государственных теологических общих/генеральных семинарий, в том числе в Вене) в духе эпохи Просвещения. Те, кто после окончания венской семинарии возвращался в Мельк, должны были продвигать и распространять новые идеи.

Многочисленные государственные постановления ограничивали самостоятельность монастыря в Мельке. Он отвечал за назначение на вакансии в новых приходах, организованных согласно государственному Распоряжению о священнослужителях, оплачивал расходы церковных подворий, в которых проживали приходские священники, и школ. В связи с большим значением деятельности монастыря для государства, школьного образования и душепопечительства удалось избежать его закрытия. Однако в 1785 году, после смерти аббата Урбана Хауера, император Иосиф II запретил выборы нового аббата. Вместо этого руководство монастырём в Мельке было возложено на государственного коммендатарного аббата (лат. abbas in commendam) (см. комменда).

Эти распоряжения были отменены после смерти Иосифа II в 1790 году. Исидор Пайрхубер, занимавший пост коммендатарного аббата с 1788 года, был выбран на возвращённую должность монастырского аббата.

Не успел монастырь избавиться от давления государства, как в его жизнь начал вмешиваться епископ нового епископата в городе Санкт-Пёлтене. В 1787 году по его инициативе монастырскую гимназию перевели в Санкт-Пёльтен, и только в 1804 году она была снова возвращена в Мельк.

Во время пожара 14 декабря 1805 года, вспыхнувшего в укреплённой северной башне монастыря, в огне погибли около 200 или 300 солдат Русской императорской армии, взятых в плен в битве при Аустерлице. Русских солдат похоронили в братской могиле на полпути между Мельком и деревней Винден. Сначала на могиле был установлен простой деревянный крест, но в 1891 году император Александр III приказал соорудить мемориал из чёрного мрамора, вокруг которого были высажены деревья. В 1945 году мемориал был отреставрирован силами военных советской оккупационной зоны по приказу политотдела 20-го стрелкового корпуса, при этом была установлена ограда с арочным проёмом. Сегодня памятный мемориал находится непосредственно у федеральной дороги В 1 (Wiener Straße) и является объектом охраны исторических памятников.[6]

Во время Наполеоновских войн монастырь обложили новыми тяжёлыми налогами при сохранении финансового бремени, введённого указами Иосифа II. Вызванную этим задолженность монастырь смог погасить только после окончания правления Наполеона Бонапарта, при аббате Мариане Цвингере (Marian Zwinger, 1819—1837).

После революции 1848 года монастырь утратил право собственности на землю. Однако ему была выплачена денежная компенсация. Часть этих средств пошла на капитальный ремонт монастырских строений, а на оставшиеся средства было приобретено имение в Маргите (город в современной Румынии).

В конце XIX века при аббате и политическом деятеле Александре Карле[de] (1875—1909) монастырь возвращает себе былое влияние в регионе. Долина Вахау обязана монастырю характерными посадками плодовых деревьев вдоль просёлочных дорог. В городе Мельке монастырь организовал детский сад и подарил городу несколько земельных участков, на которых впоследствии возник квартал, застроенный виллами. Примыкающая к кварталу улица Карл-Абт-Штрассе носит имя аббата Александра Карла.

В начале XX века в монастыре были сооружены современные системы канализации и водоснабжения, проведено электричество, осуществлён капитальный ремонт зданий. Все эти работы были успешно завершены, несмотря на Первую мировую войну. Однако финансовые затруднения заставили монастырь расстаться со многими культурными ценностями, главным образом в 1919 году, когда монастырь лишился значительной части финансового имущества в связи с инфляцией. В частности, в 1926 году Йельскому университету была продана Библия Гутенберга.

После аншлюса Австрии в 1938 году нацисты закрыли монастырскую гимназию, а многие здания монастыря конфисковали и передали государственной полной средней школе. Были опасения, что нацисты совсем закроют монастырь, но ни в годы Второй мировой войны, ни в период оккупации Австрии войсками союзников монастырь почти не пострадал, если не считать уничтожения виноградников.

В 1960 году заново отреставрировали фасад монастыря.

В 1989 году был отпразднован 900-летний юбилей монастыря в Мельке, в связи с чем в монастыре была организована выставка, открытая до 1990 года. За эти два года выставку смогли посетить около 1,1 миллиона человек. К открытию выставки были отреставрированы здание, через которое осуществляется вход в монастырь, и Двор прелатов.

Уже накануне юбилейных торжеств стало очевидно, что необходима дальнейшая реставрация монастыря. Принадлежавший монастырю в Мельке картезианский монастырь Картаузе в Гаминге (de:Kartause Gaming) пришлось продать ввиду невозможности финансирования работ по его реставрации дополнительно к расходам на реставрационные работы в Мельке. 

В 1990 году провели работы по укреплению несущих конструкций в библиотеке, в зале св. Коломана и в северной части монастыря. В 1991—1995 годах отреставрировали северную сторону монастыря, восточный фасад, южный фасад и др.

Поскольку доходов от традиционного монастырского промысла — сельского и лесного хозяйства — не хватало ни на покрытие этих расходов, ни на текущую эксплуатацию монастыря, то ещё одним источником доходов в последнее время стал туризм. Монастырь открыли для туристов после реставрации, и теперь сюда ежегодно приезжают около 500 тыс. гостей. На сегодняшний день выручка от экскурсий составляет значительную часть доходов комплекса. Разумеется, была создана и необходимая для туристов инфраструктура: большая современная парковка для машин, парковка для велосипедов с запирающимися ячейками для хранения вещей, что позволяет многим велосипедистам посетить монастырь во время поездок по велосипедным маршрутам вдоль Дуная, ресторан, монастырский сад с обновлённым ландшафтно-парковым дизайном. Организованы экскурсии по монастырскому комплексу и саду. 

Монастырь Мельк изображён на обратной стороне 50-шиллинговой банкноты 1951 года (вышедшей из обращения после введения евро).