Основным источником по истории основания и дальнейшего развития в ранее средневековое время является Монемвасийская хроника. В 550 году Велизарий, военачальник Юстиниана I оценил военный потенциал укрепления на скале[1]. Первые жители Монемвасии пришли из Лаконии, спасаясь от нашествия авар, в 558 году во время правления императора Маврикия[1].

Святой Виллибальд, будущий ученик Бонифация, совершавший в 723 году[1] паломничество в Рим и Иерусалим, записывает о своём плавании мимо Греции:

«И плывя оттуда, приплыли через Адриатическое море к городу Монемвасия, в земле славян, и оставили Коринф с левой стороны».

Судя по записи самая южная оконечность Пелопоннеса считалась в то время «землёй славян».

В правление Константина V в 746 году Феофан отмечает в городе пандемию, известную как Юстинианова чума и проникшую из Сицилии и Калабрии «подобно опустошительному пожару»[1][2][3].

Около 878 года нижний город был укреплён и использовался в качестве базы византийского флота в войне с арабами. В 961 году Критский эмират прекратил существование и нападения арабов прекратились[1].

В 1147 году сицилийскими норманнами была предпринята неудачная попытка овладеть Монемвасией.

После падения Константинополя в 1204 году в ходе Четвёртого крестового похода Монемвасия оставалась свободной от завоевания[1][3]. После трёхлетней осады крестоносцами под командованием Гийома II де Виллардуэна город сдался и в 1248 году[3] вошёл в состав Ахейского княжества.

В битве при Пелагонии в 1259 году Гийом II де Виллардуэн был взят в плен Михаилом VIII Палеологом. Чтобы возвратить себе свободу, ахейский князь должен был по договору 1262 года уступить Византии Монемвасию, Майну и Мистру[3]. Монемвасия стала центром войны с Ахейским княжеством. В Монемвасии высадилась армия Константина Палеолога, посланная из Константинополя Михаилом VIII Палеологом[1].

В 1292 году арагонский адмирал Руджеро ди Лауриа разрушил нижний город и вывез множество жителей, среди них женщин, умелых ткачих и шёлкопрядильщиц[1], в качестве пленников, в итальянскую Мессину.

Правитель Монемвасии Павел Мамон (Παύλος Μαμωνάς) был врагом деспота Феодора I Палеолога[1][4]. В 135 году Монемвасию захватили турки во главе с Омар-беем, генералом Баязида I, и передали её Палеологу[1]. В 1397 году турецкая армия во главе с Якуб-пашой и Эвренос-беем захватила и разграбила Монемвасию[4]. В 1401 году император Мануил II Палеолог по пути в Западную Европу оставил в Монемвасии императрицу с двумя детьми под защитой своего брата, деспота Феодора I[4].

Спустя 7 лет после захвата Константинополя, в 30 мая 1460 года крепость Мистра добровольно сдалась войскам Мехмета Завоевателя, Морейский деспотат прекратил существование[3]. Жители Монемвасии обратились к папе Пию II с просьбой о покровительстве[1]. В 1464 году город переходит под правление Венецианской республики[3].

В 1540 году[3] Монемвасия была передана Османской империи венецианским дожем Пьетро Ландо в конце четвертой венецианско-турецкой войны. Жители покинули Монемвасию, она пришла в упадок[1].

В 1690 году город с суши и с моря осаждается венецианцами во главе с адмиралом Франческо Морозини и 18 августа турки заключают с венецианцами договор, по которому передают им Монемвасию. В Монемвасию возвращаются жители[1].

7 сентября 1715 года в ходе Второй Морейской войны Монемвасия без боя досталась Османской империи. Монемвасию покидают жители, она пришла в упадок[1].

В 1770 году Монемвасия была разрушена албанцами в ходе Пелопоннесского восстания и покинута жителями[1].

В марте 1821 года в ходе Греческой войны за независимость от Османской империи крепость была осаждена двумя тысячами повстанцев из числа жителей Лаконии и Кинурии во главе с Дзанетакидесом (Τζανετάκηδες), Григоракидесом (Γρηγοράκηδες) и Вузанарой (Βουζανάρα[1]. 23 июля 1821 года после трёхмесячной осады крепость была захвачена повстанцами[1]. Турецкий гарнизон при этом был полностью вырезан.