В древнейшие времена Монсегюр был святилищем богини Белиссены, кельтиберского аналога Астарты-Артемиды-Дианы. Астарта в финикийской мифологии являлась женским соответствием, или паредрой, бога Ваала, в греческой мифологии была известна как Артемида, сестра Аполлона, а в кельтиберской теогонии — Белиссена, богиня Абеллиона.

В 1229 году, через двадцать лет после начала альбигойского крестового похода, граф Тулузский подписал Парижский трактат, согласно которому начался переход Лангедока под власть французской короны. Церковь катаров вынуждена была уйти в подполье. Монсегюр стал «средоточием и престолом» еретической церкви в 1232 году, когда катарские епископы Тулузы и Разес добились приюта у сеньора этих мест, Раймонда де Перейля. Монсегюр стал также штаб-квартирой решительно настроенных фаидитов, преданных интересам графа Тулузского и жаждущих воевать с Инквизицией.

Летом 1243 года армия крестоносцев под руководством королевского сенешаля Каркассона взяла Монсегюр в кольцо осады. Монсегюр защищало его географическое положение и отвесные склоны. Пятнадцать рыцарей и пятьдесят солдат смогли почти год, будучи отрезанными от внешнего мира, противостоять армии из нескольких тысяч хорошо вооружённых людей. Осада крепости переплеталась с героизмом и фанатизмом: эта крепость являлась для катаров чем-то вроде Масады для зелотов.

Монсегюр пал 16 марта 1244 года. Катарские монахи и монахини (всего — более 200 человек), не отрёкшиеся от своих религиозных убеждений, были сожжены в тот же день на костре у подножия горы. «Среди них, — сообщает хронист-инквизитор Гийом Пюилоранский, — был Бертран Марти, которого они сделали своим епископом; и все они отказались обратиться, как им предложили, и были заключены в ограду, сделанную из кольев и свай, и, сожжённые в ней, перешли из огня казни в огонь Тартара»[1]. Также на костёр отправлена была престарелая маркиза де Лантар, её дочь Корба де Перейль и молодая внучка Эсклармонда де Перейль. Сейчас место казни называется «Prat dels Cremats», или Поле Сожжённых. 25 защитников крепости покончили жизнь самоубийством.

Несмотря на то, что эта цитадель пала, отдельные группы катаров всё же сохранились до 1320-х годов в южной Франции и северной Италии. От прежней крепости Монсегюр, называемой французскими историками «Монсегюр II», практически не осталось и следа. Папа римский приказал уничтожить её стены до скального фундамента после её захвата в 1244 году, лишь на северном склоне можно увидеть небольшие фрагменты кладки, относящиеся к постройкам «Монсегюра II». В дальнейшем крепость постепенно восстанавливалась и модернизировалась в последующие три столетия королевскими архитекторами. Современная крепость, называемая «Монсегюр III», представляет архитектурно-исторический памятник, типичный для постсредневековой королевской французской оборонительной архитектуры 1600-х годов.