Хотя о Пука-Пукара известно меньше, чем о многих других руинах инков, существует теория, что это место, было построено во время правления Пачакутека. Поскольку он был девятым правителем империи, можно сказать, что Пука-Пукара была одной из более поздних построек. Камни, из которых построено большинство стен, имеют очень неправильную форму, сложенные друг с другом таким образом, чтобы создать стены, которые функциональны, но им не хватает красоты с точки зрения архитектуры (в отличие от многих близлежащих мест). ). Из-за этого кажется вероятным, что здания и стены были построены в спешке, потому что военный штаб, которым стала Пука-Пукара, считался крайне необходимым. Когда он был построен, камни разного размера и формы, которые теперь кажутся серыми, на самом деле могли быть красного цвета (отсюда и его название, красная крепость).

Есть некоторые споры о том, какова была реальная функция Пука-Пукары, когда империя инков все еще процветала. Как сказано выше, это была, по крайней мере, частично военная база, и, поскольку она находилась на такой большой дороге и с видом на так много важных мест, это было очень хорошее место, чтобы обнаружить людей, доставляющих неприятности. Чиновники могли использовать его в качестве контрольно-пропускного пункта на дороге, останавливая тех, кто выглядел подозрительно от дальнейших поездок в империю, где они потенциально могли нанести ущерб государству. Она также могла служить остановкой для военных групп, проезжавших поблизости. Другая теория состоит в том, что это было место отдыха для охотников и усталых путешественников, а также знати инков из-за всех его роскошных бань, каналов, площадей, фонтанов и отдельных комнат.