Историки не смогли определить, когда именно открылась аптека, но старейшие из доступных записей показывают, что Ратушная аптека принадлежала уже своему третьему владельцу в 1422 году. Некоторые учёные считают годом открытия 1415 год.

В книге записей городского совета есть запись химика Нуклеуса, который заявил, что владельцами аптеки являются 10 честных людей, большинство из которых — старейшины. Другие документы, датированные 1422 годом и позже, сообщают, что первым аптекарем был Иоганн Молнер и что лекарства уже продавались в аптеках во второй половине XV века.

В своём рассказе «Мартов хлеб» Яан Кросс описал, как в 1441 году аптекарский подмастерье Март, смешивая лекарства для местного ратмана, изобрёл рецепт марципана.

Династия Бурхардтов наиболее тесно связана с историей аптеки, в которой проработало более 10 поколений в течение более, чем 325 лет, с 1582 по 1911 год.

Между 1579 и 1581 годами венгерский иммигрант по имени Иоганн Бурхардт Белавари де Секава, переехал в Таллин из своего родного города Пресбурга (ныне Братислава) и получил в аренду от городского совета для начала бизнеса аптеку. Он стал первым в длинной династии фармацевтов, которые держали ратушную аптеку.

Он также начал семейную традицию давать первенцу-сыну имя Иоганна, от которого всегда ожидали продолжение семейного бизнеса. Эта традиция велась в течение восьми будущих поколений, до конца XIX века, когда родился десятый Иоганн, названный Иоганном X Бурхардтом.

Бурхардты были хорошо образованными и часто были не только фармацевтами, но и врачами. Они сыграли значительную роль в жизни города. Мужественное поведение Бурхардта I во время чумы отмечал в своей Хронике Бальтазар Руссов. А в 1571 году эпидемия чумы началась с аптеки[1].

В 1688 году Иоганну Бурхардту IV, наконец, удалось выкупить аптеку у городского совета за 600 талеров. В 1690 году права династии Бурхардтов были подтверждены подписью правящего короля Швеции Карла XI.

В 1710 году Иоганн Бурхардт V начал свою карьеру, в то время как Таллин страдал от эпидемии чумы. Когда Таллин капитулировал русским войскам во время Великой северной войны, он был одним из первых, кто оказал русской армии помощь с лекарствами. В 1716 году он стал врачом города и врачом гарнизона и военно-морского госпиталя.

Слава семьи Бурхардтов стала настолько велика, что в 1725 году русский царь Пётр I якобы призвал Иоганна Бурхардта VI к своему смертному одру, но умер прежде, чем Бурхардт приехал в Санкт-Петербург.

В 1802 году Иоганн Бурхардт VIII основал частный музей, назвав его «Mon faible». Несколько экспонатов из его коллекции сейчас представлены в эстонском историческом музее. В 1802 году он провёл первую художественную выставку в Таллине.

Последние два Бурхардта были людьми болезненными и не могли контролировать аптеку, поэтому снова сдали её в аренду. Правление Бурхардтов подошло к концу в 1890-х годах со смертью последнего наследника по мужской линии Иоганна X Бурхардта. Сестры Иоганна X продали имущество в 1911 году в К. Р. Лехберту, покончив с семейным бизнесом, который продолжался в течение десяти поколений.

Во время советского периода аптека была государственным учреждением.

После 1990 года вся аптека прошла обширную реконструкцию, так как ремонту не уделялось должного внимания в течение почти 50 лет. Эта реконструкция длилась более 10 лет до 2003 года. Её владельцы бережно сохранили исторический интерьер: резная мебель, канделябры, старинные склянки и трактаты, ручной кассовый аппарат и другие детали придают аптеке особый шарм и делают посещение запоминающимся[2].

В настоящее время основная часть аптеки находится на первом этаже и продаёт самые современные лекарственные средства.

На первом этаже аптеки действует антикварный магазин, а в 1999 году на втором этаже был открыт чесночный ресторан «Бальтазар».