Ансамбль Шахи-Зинда был основан тюркской династией Караханидов и в дальнейшем формировался на протяжении 9 веков и включает более двадцати сооружений XI—XIV и XIX веков. До XVI века назывался Мазар шаха, имея ввиду Кусам ибн Аббаса. С XVI века стал известен под названием Шох-и Зинда — «живой царь».

По поздней легенде, двоюродный брат пророка Мухаммеда, Кусам ибн Аббас, пришел в Самарканд с небольшим войском для утверждения ислама. Во время одного из набегов язычников Кусам ибн Аббас был поражён стрелой, но сумел скрыться от глаз неверных в образовавшейся расщелине (по другой версии, в колодце), где и живёт по сей день.

Старейшие сооружения ансамбля, от которых сохранились только основания и надгробия, датируются эпохой тюркской династии Караханидов (XI—XII вв.). Подавляющее большинство построек относятся к эпохе Тимуридов (XIV—XV вв.), а перестройки XVI—XIX вв. практически не повлияли на композицию и внешний вид комплекса. Мавзолеи имеют бирюзовую отделку или покрыты темно-синей плиткой с цветочными орнаментами.

Шахи-Зинда — единственный в Самарканде археолого-архитектурный памятник, в котором, включая культурные напластования Афрасиаба, отразилась почти 25-вековая история города.

27 марта 1945 г. Совет народных комиссаров Узбекской ССР Постановлением № 410 передал из ведения Управления по делам архитектуры при Совете народных комиссаров Узбекской ССР в пользование Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана (САДУМ) семь самых посещаемых верующими (и ранее закрытых государством) мазаров, среди которых был Шахи-Зинда[1].

Захоронения на территории комплекса не проводились с 1977 года.