Вначале на месте нынешнего храма располагалась деревянная капелла имени святого Иоанна Крестителя, которая была освящена в 942 году Трансмарусом, епископом Турне и Нуайона. В 1038 году капелла была расширена и перестроена в романском стиле. Следы первоначальной деревянной церкви можно обнаружить в крипте современного собора.

В последующий период с XIV по XVI века церковь периодически перестраивали и расширяли в готическом стиле. Сначала был возведён новый хор, затем — деамбулаторий, а на третьем этапе — нефы. 7 июня 1569 года принято считать датой окончания строительства храма.

Церковь стала коллегиальной в 1539 году, после роспуска старого аббатства святого Бавона, ставшего следствием восстания горожан против Карла V (который был крещён в этом храме). В 1559 году была основана епархия Гента, а церковь стала её кафедральным собором.