Панорама Зальцбурга

Поселение на месте современного Зальцбурга существовало, как показывают археологические раскопки, со времён неолита. Позже здесь располагалось кельтское поселение, которое в I веке до н. э. было завоёвано римлянами. В 45 года н. э. образована колония Ювавум[de] в районе современного Зальцбурга, которая стала одним из главных населённых пунктов римской провинции Норик. В 477 году вождь ругиев Одоакр во главе союзной армии ругиев, гепидов, готов и герулов, по легенде, взял город Ювавум и казнил Св. Максима и 50 его учеников.

 Ночной Зальцбург

В 696 году баварский герцог пожаловал эти земли епископу Руперту (впоследствии причисленному к лику святых). Он основал здесь около 700 года два монастыря, сохранившихся до наших дней и ставших ядром будущего города: мужское бенедиктинское аббатство Святого Петра и женский монастырь Ноннберг.

В 739 году город стал епископской резиденцией, в конце VIII века при епископах Виргилии и Арно он стал центром миссионерской активности христианской церкви в альпийском регионе. С этих же времён город носит имя Зальцбург, которым обязан многочисленным месторождениям соли в округе. В 798 году зальцбургских епископов повысили в статусе и они стали архиепископами.

В 1077 году на горе над городом была построена крепость Хоэнзальцбург, которую впоследствии многократно перестраивали.

Княжество Священной Римской империи  Старый город и Хоэнзальцбург

В 1278 году архиепископство было признано суверенным княжеством Священной Римской империи и постепенно превратилось в относительно независимое клерикальное государство. Окончательно независимость от Баварии была установлена в XIV веке, в это же время эпидемия чумы унесла почти треть населения города.

Власть князей-архиепископов продолжалась до 1803 года, в периоды расцвета владения Зальцбурга простирались далеко за пределы нынешней федеральной земли Зальцбург.

Наивысшего расцвета княжество достигло в конце XVI — начале XVII века. При архиепископах Вольфе Дитрихе фон Райтенау, Маркусе фон Хоэмесе и Парисе Лодроне город был сильно перестроен под руководством итальянских архитекторов, после чего приобрёл заслуженную славу одной из столиц европейского барокко. В 1622 году в городе был основан университет, закрытый в 1810 году и вновь открытый в 1963 году. В 1628 году построен городской собор, в 1767 прорублен один из старейших в Европе дорожных туннелей под горой Мёнхсберг.

Успешно развивались ремёсла, пивоварение. Первая пивоварня была открыта ещё в 1492 году (пивоварня Stiegl-Brauwelt). однако главным источником доходов города было производство и продажа соли.

В годы реформации Зальцбург был одним из главных оплотов католицизма в немецких землях, в 1731 году все протестанты были изгнаны из города.

Период наполеоновских войн  Река Зальцах в черте города

С началом наполеоновских войн княжество прекратило своё существование.

В 1803 году в рамках германской медиатизации из бывшего Зальцбургского архиепископства было создано курфюршество для Фердинанда III, бывшего Великого герцога Тосканского, у которого Наполеон I отнял земли и создал на них Королевство Этрурия.

В 1805 году, в соответствии с условиями Пресбургского мира, та часть территории курфюршества, которая ранее была архиепископством, вошла в состав Австрийской империи.

В 1810 году город был передан Баварии, но в 1816 году по решению Венского конгресса Зальцбург вошёл в состав Австрии.

18-23 августа 1867 года в Зальцбурге проходила встреча между Францем Иосифом и Наполеоном III.

В 1938 году в результате аншлюса в Зальцбург вошли немецкие войска. Во время Второй мировой войны город несколько раз подвергался бомбардировкам союзников, однако практически все достопримечательности остались невредимыми.

Зальцбург был освобождён войсками США 5 мая 1945 года. После войны он был центром американской оккупационной зоны.