Kraj leži med Chambéryjem in Ženevo. Njegova zgodovina med 10. in 19. stoletjem je bila močno pod vplivom teh dveh mest. Kot glavno mesto grofije Ženeva je bilo po smrti ženevskih grofov leta 1401 vključeno k ozemlju Savojcev. Leta 1444 je postalo glavno mesto regije, ki je zavzemala provinco Genevois, Faucigny and Beaufortain. Z napredkom kalvinizma leta 1535 je kraj postal središče protireformacije in sedež škofije, preseljen iz Ženeve. Med francosko revolucijo je bilo ozemlje Savoje zavzeto s strani Francije, Annecy pa je postal del novonastalega departmaja Mont-Blanc s sedežem v Chambéryju. Po vrnitvi Burboncev na oblast leta 1815 je bil vrnjen savojski hiši, po ponovni priključitvi k Franciji v letu 1860 pa je postal glavno mesto novonastalega departmaja Haute-Savoie.