La Rochelle je bil ustanovljen v 10. stoletju. Leta 1137 je postal svobodno pristaniško mesto, proti koncu 12. stoletja pa je dobil tudi svojega prvega župana. Vse do 15. stoletja je bil La Rochelle največje pristanišče ob Atlantski obali.

Med stoletno vojno se je 22. junija 1372 v njegovi bližini odvijala pomorska bitka, v kateri je francosko-španska flota odločilno porazila Angleže in s tem zagotovila nadzor nad Rokavskim prelivom.

Med renesanso so prebivalci La Rochelle sprejeli protestantske ideje, samo mesto pa je postalo leta 1568 središče hugenotov. Zaradi tega je prišlo do konfliktov s francosko krono, ki se je na koncu sprevrglo v obleganje La Rochelle (1627-28). Po 14 mesecih blokade je mesto padlo v roke kardinalu Richelieuju in s tem izgubilo vse dotedanje privilegije. Ob ves večjih pritiskih je veliko hugenotov emigriralo v Severno Ameriko in pri tem ustanovilo več krajev, med drugim New Rochelle (1689) v soseščini New Yorka.

V 18. stoletju je sledilo obdobje intenzivne trgovine z Novim svetom (Nouvelle France v Kanadi, Antili), ki je trajalo do sedemletne vojne (1756-63). Vloga La Rochelle se je z izgubo kolonij med kasnejšo francosko revolucijo in Napoleonskimi vojnami precej zmanjšala.

Leta 1864 je bilo pristanišče prizorišče poizkusa potopa prve podmornice na svetu, Plongeur, ki ji je poveljeval Marie-Joseph-Camille Doré, doma iz La Rochelle. Kasneje, med drugo svetovno vojno, je pristanišče postalo nemška podmorniška baza. Mesto, močno nemško oporišče, je bilo po dolgotrajnem obleganju osvobojeno 7. maja 1945 kot zadnje v Franciji.