Na področju današnjega mesta so v 3. stoletju pr. n. št. grški kolonisti z otoka Visa (Issa) ustanovili naselje Tragurion, ki se je v rimski dobi imenovalo Tragurium in se razvilo v pomembno pristanišče. Grško ime naselja izvira iz grških besed »tragos« in »oros« s pomenom kozlovo obrežje, podobno kot grško ime otoka Čiovo »Bua« izvira iz grške besede »voua« s pomenom čreda.

Z razvojem bližnjega mesta Solin (Salona), ki je danes skoraj predmestje Splita, je pričel Trogir počasi zgubljati svoj pomen. Po propadu rimskega imperija je prišel Trogir pod oblast Bizanca. V času naseljevanja Hrvatov so se v Trogir priselili begunci iz Solina. Kljub formalnemu priznavanju bizantinske oblasti je Trogir od 9. stol. dalje plačeval davke tudi madžarskim (hrvaškim) vladarjem. Mesto je postalo v 9. stol. sedež škofije, ki je bila ukinjena leta 1828. Leta 1000 je Beneška republika priznala neodvisnost prebivalcev mesta Trogirja in od tedaj je Trogir začel trgovati z italijanskim polotokom, od koder so odtlej prihajali številni kulturni vplivi ter pobude za gospodarski napredek in izboljšave. Leta 1107 je trogirski komuni privilegije s t.i. Trogirsko diplomo potrdil madžarsko-hrvaški kralj Koloman, ki je obljubil mestu svojo zaščito, prosto izbiro kneza (načelnika) in potrjevanja lokalnega škofa, pravico sprejema lastnih zakonov, tretjino prihodkov od prometa v pristanišču in da madžarska vojska brez dovoljenja ne bo vstopila v mesto. Leta 1123 so saracenski pirati osvojili in skoraj popolnoma porušili Trogir. Leta 1242 se je v mesto pred mongolskimi osvajalci zatekel madžarsko-hrvaški kralj Béla IV. Po vojni med Chioggio in Benetkami je morala Chioggia preklicati svoje partnerstvo z Zadrom in Trogirjem proti Benečanom, nato pa je Šibenik postal pomembno trgovsko središče, z monopolom pri trgovanju s soljo na skoraj celotnem Jadranu. Leta 1420 se je pričelo skoraj štiristoletno obdobje oblasti Beneške republike v Trogirju, med katerim je mesto (namesto izvoljenih predstavnikov iz vrst domačih plemiških rodbin) vodil v beneškem senatu potrjeni podesta s svojo mestno upravo. Okoli leta 1650 so v Trogirju odkrili edini primerek znamenitega odlomka iz Petronijevih Satir - Trimalhionove gostije (»Cena Trimalchionis«), ki je bila vzor rimske proze. Po ukinitvi Beneške republike s strani Napoleona Bonaparteja leta 1797 je Trogir (z izjemo kratkega obdobja francoske oblasti v času Ilirskih provinc) (1806-1814) prešel pod oblast habsburške monarhije, ki je kot Avstro-ogrska razpadla leta 1918. V letih po prvi svetovni vojni je bilo mesto skupaj z večino Dalmacije sestavni del SHS in nato Kraljevine Jugoslavije. Po fašistični agresiji leta 1941 in kasnejši nemški okupaciji so Trogir 20.10.1944 osvobodili partizani in je bil del Jugoslavije do njenega razpada in razglasitve neodvisnosti Hrvaške leta 1991.

 

panorama Trogirja