Visoko sinagogo (češko: Vysoká synagoga) je financiral Mordechai Maisel, dokončana pa je bila leta 1568, istega leta kot Judovsko mesto Hodnik. Verjetno je nastala po vzoru Visoke sinagoge v Krakovu, ki je bila zgrajena leta 1556 na Poljskem. Hišo je zasnoval P. Roder v renesančnem slogu (nadzorni gradbenik je bil mojster Rada). Zasnovan je bil kot pridigarski prostor za svetnike judovske mestne hiše. V središču so bile bime, obdane s sedeži. Mordechai Maisel je sinagogi podaril koščke Tore in srebrno orodje. Štukaturni strop je bil gotsko rebrasto obokan.

Leta 1689 ga je uničil veliki požar. Sinagoga je bila obnovljena.

Leta 1883 je sinagogo prezidal J. M. Wertmüller. Pri tej predelavi je bila fasada poenostavljena na sodoben videz.

Leta 1907 so zaprli vzhodni vhod in zgradili nov vhod, ki gleda na Rdečo ulico (Červená ulice).

Druge rekonstrukcije so bile v letih 1961, 1974–79 in 1982.

Med nacistično in komunistično vladavino je bila sinagoga del Judovskega muzeja in tam je bila razstava starih hebrejskih knjig.