Preteklost mesta sega že več kot 3000 let nazaj, v čas srednjeveškega imperija. Grški zgodovinarji so ga imenovali Ysatis (ali Issatis), verjetno zgrajeno na ruševinah starodavnega mesta Katteh. Današnje ime je mestu dal Yazdegerd I., iz Sasanidskega obdobja. V Sasanidskih časih je bilo mesto zoroastrski center. Po arabsko-islamski osvojitvi Perzije, je veliko zoroastriancev prebegnilo v Yazd iz sosednjih dežel. S plačilom dajatev je Yazd ostal zoroastrski tudi po zasedbi, islam pa je le postopoma postal prevladujoča religija v mestu.

Zaradi svoje oddaljene lokacije, lege v neprijazni puščavi in zahtevnosti pristopa, je Yazd ostal v veliki meri zaščiten pred velikimi bitkami in uničenjem ter opustošenjem od vojn (sem so se pred Džingiskanom na primer zatekli mnogi pesniki, umetniki in znanstveniki). Mesto je obiskal Marco Polo leta 1272 in pisal o finem svilenem tkanju v mestu. V štirinajstem stoletju je kratek čas služil kot glavno mesto dinastije Muzaffarid in bil neuspešno oblegan v letih 1350-1351 od Injuidskega šaha Shaikh Abu Ishaqa.

V času Ahaemenidov je imela regija velik pomen kot prometno križišče. V starem Yazdu je imelo upravljanje cest tak pomen, da je dinastija Al-e Mozaffar vladala prav s pomočjo obvladovanja cestnega prometa v regiji.

Pod vladavino Safavidov (16. stoletje) se je nekaj ljudi izselilo iz Yazda in se naselilo na območju, ki je danes na meji med Iranom in Afganistanom. Naselje, ki so ga imenovali Yazdi je zdaj mesto Farah v pokrajini z istim imenom v Afganistanu. Še danes ljudje iz tega območja govorijo z naglasom zelo podobnem tistemu, ki ga govorijo ljudje v Yazdu.

Med obdobjem Kadžarske dinastije (18. stoletje) je vladal kan Bakhtiari.

Leta 1907 je bil v Yazd zgodovinsko pomemben kot meja med britanskim in ruskim interesnim območjem. Ruski vpliv je bil severno od črte Yazd do severozahoda do Kurdistana in severovzhoda do perzijsko - afganistansko - ruskega trikotnika (zdaj iransko-afganistansko-turkmenski mejni trikotnik), južno so bili Britanci.

Od konca leta 2008 so 27. januraja 2009 je bil ajatola Sayed Hossein Kazemeyni Boroujerdi v centralnem zaporu v Yazdu zaprt v samici. 50-letnega duhovnika so 5. maja 2009 pretepli, zato je Amnesty International pozvala k nujni akciji. [1]