Buchara grundades på 100-talet och var ett viktigt handelscentrum vid Sidenvägen, handelsleden mellan Europa och Kina. Efter att ha blivit muslimsk år 709 tjänade staden som ett av den islamska världens betydande kulturella centra som en del i det Persiska riket. Den styrdes av en inhemsk furstesläkt, som fram till slutet av 700-talet fortsatte att härska vid sidan av de arabiska tahiriderna i Khorasan, vilka 873 störtades av samaniderna. Isamil av denna ätt lade Khorasan och blev den egentligen grundläggaren av khanatet Buchara. När samaniderna störtades 1004, förlorade Buchara sin politiska ställning.[1]

Buchara erövrades 1007 av sultan Muhammed av Chwarizm, och 1220 av mongolerna. Mongolerna härskade till slutet av 1400-talet, då Buchara erövrades av uzbekerna under Sjaibani, vars ätt 1599 efterträddes av schtarchaniderna. 1756 lät Muhammed Rahim av den ursprungligen mongoliska Mankitätten utropa sig till khan. Aschtarchaniderna fortsatte dock att ha en nominell värdighet.[1]

År 1785 blev Buchara emirat under Manghitätten och Shah Murad (1785–1800) blev stadens förste emir. Manghiterna lyckades centralisera makten på bekostnad av de uzbekiska klanhövdingarna. Emiren förlitade sig i centraliseringsarbetet på en egen armé som stod oberoende från uzbekerna samt en persisktalande byråkratisk klass. Manghithärskarna framställde sig som fromma muslimer och gynnade den traditionella religiösa klassen, ulama, samt sufiordnarna för att befästa sitt styre. Detta ledde sammantaget till en ökad inre stabilitet, befolkningsökning och ekonomisk tillväxt, som i sin tur förde med sig ökad handel med Ryssland.

Samtidigt medförde den despotiska och konservativa regimen att den var oförmögen att förstå de förändringar som ägde rum i omvärlden. Detta blev speciellt ödesdigert visavi Ryssland som år 1868 erövrade staden. Den närmast medeltida sociala strukturen i emiratet, som ett informellt ryskt protektorat, bevarades till 1920. När bolsjevikerna konsoliderat makten vändes blicken mot bland annat Buchara och emiren fördrevs med hjälp av sovjetiska trupper och sovjetrepubliken Buchara proklamerades. Fayzulla Khojajev blev premiärminister och Abdurauf Fitrat utrikesminister. År 1924 infogades Buchara i den uzbekiska sovjetrepubliken. Den siste emiren Alim Khan dog i landsflykt i Kabul 1944.