Butrint var tidigt en illyrisk stad i Epirus-regionen, men på platsen finns spår efter 50 000 år gamla mänskliga bosättningar[1] Den romerske poeten Vergilius hävdade att trojaner bosatte sig i Butrint och att staden grundades av Helenus som gifte sig med Andromache och flyttade västerut efter att Troja fallit. Arkeologiska undersökningar som gjorts på fyndplatsen har dock inte kunnat bekräfta detta.

Historikern Dionysios av Halikarnassos skrev att Aeneas besökte Butrint efter att ha flytt från Troja.

De första arkeologiska bevisen på fast bosättning daterar sig till mellan 1000-talet och 800-talet f.Kr. Den ursprungliga bosättningen sålde troligen mat till Korfu och hade ett fort och en helgedom. Butrint var en strategiskt betydelsefull plats på grund av sitt läge vid sundet mitt emot Korfu. På 400-talet f.Kr. hade staden växt i betydelse och hade såväl en amfiteater, en helgedom tillägnad Asklepios och en agora. På 300-talet hade staden blivit en av Medelhavsområdets viktigare centrum för handel och sjöfart.[2]

Rom tog kontrollen över Butrint år 167 f.Kr. och staden blev år 228 ett protektorat intill Korfu. Under det följande århundradet blev orten en del i provinsen Illyricum. År 44 f.Kr. utsåg Julius Caesar Butrint till en belöningskoloni för soldater som hade kämpat vid hans sida mot Pompejus. Lokala jordägaren Titus Pomponius Atticus vände sig till Cicero som lobbade mot planen i senaten. Som ett resultat av detta fick Butrint bara ett fåtal kolonisatörer.

År 31 f.Kr. återinförde kejsar Augustus planen att göra Butrint till en veterankoloni. Nya invånare utökade staden och byggandet inkluderade en akvedukt, ett romerskt badhus och ett nymphaeum.

Under senare delen av den romerska eran blev Butrint en betydelsefull hamnstad i provinsen Gamla Epirus och en plats där lokala maktkamper utkämpades. På 200-talet förstörde en jordbävning större delen av staden. Utgrävningar har visat att staden vid den tiden var på nedgång och hade blivit ett tillverkningscentrum. Den återuppbyggda staden hade det magnifika Triconchpalatset som byggdes omkring år 425.

På 500-talet blev Butrint ett biskopsstift och nya byggnadsverk inkluderade ett stort dopkapell och en basilika. Kejsar Justinianus I lät förstärka murarna runt staden. Goter plundrade Butrint år 550, vilket gav upphov till en ny nedgång.

På 600-talet hamnade Butrint under slavisk kontroll. Staden minskade betydligt under de följande århundradena fram till 800-talet då det bysantinska väldet tog kontroll över området efter en strid mot Despoten av Epirus. De följande århundradena var området en konfliktfylld plats där strider mellan Bysantiner, Angeviner och Venezianer utkämpades och staden bytte ägare flera gånger. År 1267 tog Karl I av Anjou kontroll både över Butrint och Korfu och lät renovera murarna och basilikan.

Republiken Venedig köpte området från Angevinerna 1386. Venetianska köpmän ockuperade endast delar av området. År 1490 började de bygga ett torn och ett litet fort.

1797 hamnade Butrint under fransk kontroll då Venedig lämnade över området till Napoleon I som en fredsbosättning. 1799 intog osmanska riket området och det blev en del av imperiet fram till Albaniens självständighet 1917. Vid den tiden hade den ursprungliga staden varit obebodd i århundraden.