På samma ställe som Chania ligger idag fanns det under minoisk tid en större bosättning. Det är troligt men inte bevisat att detta var den antika staden Kydonia.[1]

Många har besökt det berömda och hårt restaurerade palatset i Knossos samt de mer orörda palatsen på östra Kreta. Färre anar omfattningen av de fynd som gjorts under de Svensk-Grekiska utgrävningarna i Chania på västra Kreta under de senaste 30 åren. Där, under den moderna staden, låg för 3500 år sedan en stor och blomstrande handelsstad med kontakter runt hela Medelhavsområdet. Själva staden kan inte grävas ut eftersom den ligger under de moderna husen i Chaniá. Men de svensk-grekiska grävningarna har frilagt en del av den minoiska bebyggelsen, där fantastiska fynd gjordes. Utgrävningarna berättar om platsen under nästan 5000 år, men framför allt vad som hände under den senare delen av den minoiska tiden - hur människorna levde, hur de bodde och vad de tillverkade. Staden hade troligen även ett eget arkiv med listor över råvaror, livsmedel och egendomar. Arkeologerna har funnit mängder av lertavlor med den minoiska skriften Linear A. De har också grävt fram några lertavlor med Linear B, vilket är en typ av forngrekiska och som vi också kan läsa. Sannolikt kan det moderna Chaniá identifieras med den omtalade forntida staden Kydonia, vilket förklarar den betydelse den måste ha haft i minoisk tid. Många fynd därifrån är unika för hela Kreta. De flesta forskare menar också att ett minoiskt palats måste ha legat i närheten, kanske av samma betydelse som de övriga palatsen på Kreta.

År 69 f.Kr. besattes Kreta av romarriket och vid dess delning 395 e.Kr. blev ön en del av det Bysantinska riket. Kreta var under arabiskt styre mellan 824 och 961 då det återgick till bysantinskt styre. Det var vid denna tid som staden fick namnet Chania. Från 1200-talet till 1600-talet var staden venetiansk. 1645 erövrade det Osmanska riket Kreta från Republiken Venedig. På Kreta var staden Heraklion, som gjorde motstånd, belägrad i 21 år innan den gav upp. Turkarna styrde ön under de följande 200 åren. Öns invånare beskattades hårt och tvingades att omvända sig till islam, men större delen av befolkningen förblev kristna.[källa behövs] Befolkningen gjorde många uppror, första gången 1770. År 1821 utbröt det grekiska frihetskriget och 1832 blev Grekland en självständig stat. I denna stat ingick dock inte Kreta. Innan ön återlämnades till turkarna styrdes den av Egypten. I den nationella grekiska rörelsen spelade hela Kreta en betydande roll på 1800-talet och 1900-talet.