Trakten runt staden har varit befolkad sedan 600 f.Kr. Under antiken beboddes Kruja av den illyriska folkstammen albanoierna[1], det folk som gav namn åt albanerna. Staden är tidigast omnämnd 879 e.Kr.[2] Den blev år 1190 huvudstad i albanska prinsdömet Arberien.[3] För en kort period ingick staden i det serbiska riket.[4]

Kruja var känt som ett centrum för albanskt motstånd mot osmanerna. Krujas slott belägrades fyra gånger av den osmanska hären. Först vid den fjärde belägringen lyckades osmanerna inta slottet.

Efter det osmanska rikets erövring 1479 kallades staden Akçahisar.[5] Staden drabbades 1617 av en jordbävning som i stort sett raserade hela staden men den byggdes upp igen 1832 på order av den osmanske sultanen.[5]

På 1800-talet blev Kruja ett slagfält i kampen mot det osmanska riket.

Den främste albanske frihetskämpen Georg Kastriota Skanderbeg (1405-1468) föddes i Kruja och är känd för sitt uppror mot osmanerna.