Lanzarote har varit befolkad i omkring 2500 år. Den ursprungliga befolkningen kallades mahos och var ett berbiskt folkslag som kom dit när de emigrerade från Nordafrika. Det ursprungliga namnet på ön var Tyterogakat eller Tytheroygatra som har översatts till den brända ön efter en berbisk region i centrala Algeriet.

Mahoserna levde på getkött, fisk och frukt och de hade liten kunskap om jordbruk, stål och sjöfart. De bodde i grottor och klädde sig i getskinn och samhället var anpassat efter förutsättningarna på ön och dess begränsade resurser. De styrdes av patriarkaliska kungar, menceyes, som ärvde makten. Lanzarote var troligen den första av Kanarieöarna som bosattes och det var av fenicierna omkring 1100 f.Kr. som kom till ön då de sökte det eftertraktade röda färgämnet i laven som fanns på den norra ön.

De grekiska författarna och filosoferna Herodotos, Platon och Plutarkos beskrev ön som Hesperis trädgård, det fruktbara landet där frukter och blommor doftar i den delen av Atlanten. Den första kända skriften kom från Plinius den äldre i encyklopedin Naturalis Historia på en expedition till Kanarieöarna. Registreringen av namnen var Planasia/Canaria (Gran Canaria), Ninguaria (Teneriffa), Junonia Mayor (La Palma), "Pluvalia" (El Hierro) och Capraria (La Gomera). Lanzarote och Fuerteventura nämndes som arkipelagen "Purpuröarna".

1336 kom ett fartyg från Lissabon under ledning av Lanzarote da Framqua som var den kände sjöfararen Lancelotto Malocello och han lät bygga en fästning i området omkring Montaña de Guanapay som ligger nära Teguise. Det första kända namnet på ön gavs av Angelino Dulcert som kallade den Insula de Lanzarotus Marocelus efter Malocello och det är från det namnet som dagens namn, Lanzarote, härstammar. Guancherna gav ön namnet Tite-Roy-Gatra vilket betyder De röda bergen.

Jean de Béthencourt kom till ön 1402 under en expedition till Kanarieöarna och med honom slaveri och råmaterial. Béthencourt hade fått Henrik III av Kastiliens tillstånd att erövra Kanarieöarna. Han lämnade La Rochelle i Normandie tillsammans med Gadifer de la Salle och 280 besättningsmän men innan de nådde Lanzarote var de bara 53 man kvar.

Han landsteg först på den norra sidan på Lanzarote där den fattiga befolkningen inte klarade av att göra motstånd. Han träffade kung Guardafia som uppmanade honom att avbryta attackerna och i utbyte får ett slott vid Costa del Rubicón. Efter att ha misslyckats med erövringen av Fuerteventura återvände han till Spanien för att hämta mer förnödenheter och besättningsmän. När han återkom till Lanzarote hade Gadifer de la Salle slagit tillbaka motståndet från den lokala befolkningen vilket hade orsakat stor förödelse och förlust av många människoliv. När erövringen av Lanzarote, Fuerteventura, El Hierro och La Gomera var genomförd så överlät han makten över Lanzarote till sin släkting Maciot de Bethencourt. Gadifer de la Salle skickades tillbaka till Spanien efter en tvist där la Salle krävde herraväldet över öarna.

På 1700-talet intog pirater ön och skickade 1 000 invånare till slaveri i Cueva de los Verdes.

1730 drabbades ön av ett vulkanutbrott som varade i 2053 dagar och upphörde 1736. Vulkanen begravde tio städer och lavan täckte 25 procent av öns yta, den bördigaste marken och elva byar. 100 nya vulkaner hade skapats i området omkring Montañas del Fuego (eldbergen) som har fått sitt namn av katastrofen.

1824 kom nästa vulkanutbrott i Timanfaya men var inte lika stort som det som inträffade mellan 1730 och 1736. Lanzarote drabbades av stor förödelse och en stor del av befolkningen tvingades att lämna ön. Sedan dess har landskapet utvecklats tack vare tekniken inom jordbruket och de fuktiga passadvindarna.

1768 drabbades ön av torka då ingen nederbörd föll under vintern vilket förde med sig att en stor del av befolkningen emigrerade till Kuba och Amerika.