Municipio de Flores är en kommun i Guatemala. Den ligger i departementet Petén, i den norra delen av landet, 260 km norr om huvudstaden Guatemala City. Antalet invånare är 13 700. Municipio de Flores ligger vid sjön Lake Petén Itzá.

Följande samhällen finns i Municipio de Flores:

• Flores
• Tikal

Tropiskt regnskogsklimat råder i trakten. Årsmedeltemperaturen i trakten är 23 °C. Den varmaste månaden är april, då medeltemperaturen är 27 °C, och den kallaste är januari, med 20 °C. Genomsnittlig årsnederbörd är 2 890 millimeter. Den regnigaste månaden är september, med i genomsnitt 372 mm nederbörd, och den torraste är april, med 44 mm nederbörd.