Trogir har en lång och rik historia under vilken staden har styrts, kontrollerats eller stått i beroendeställning till bland annat romare, bysantiner, ungrare, venetianare, fransmän och österrikare.[1][2]

Trogir grundades som en grekisk koloni (emporia) troligtvis i slutet av 200-talet eller början av 100-talet f.v.t.[3][4] Platsen för den grekiska kolonin, en liten ö mellan fastlandet och Čiovo, utgör idag stadens världsarvslistade historiska stadskärna. De antika grekerna kallade bosättningen Tragoúrion. Namnet omnämns först på 200-talet[4] och kan troligtvis härledas från de grekiska orden "tragos" (getabock) och "óros" (berg).[5] Arkeologiska fyndigheter (bland annat keramiska föremål från omkring 2 000 f.v.t.) antyder att den lilla ön var bebodd redan under brons- och järnåldern.[3] Det romerska rikets expansion i det östadriatiska området ledde till att bosättningen romaniserades på 000-talet f.v.t. Det romerska namnet för bosättningen var Tragurium.[4] Som romersk bosättning utvecklades Tragurium till en viktig hamnstad i den romerska provinsen Dalmatia. Den västromerska civilisationens gradvisa förfall och slutgiltiga sammanbrott under 400-talet[6] sammanföll längs den östra adriatiska kusten med upprepade barbariska attacker och plundringståg mot de etablerade romerska bosättningarna och städerna (municipium). Trogirs autoktona och romaniserade befolkning lyckades dock som en av de dalmatiska stadsstaterna behålla viss autonomi och sin romerska kultur. Detta genom att de upprätthöll politiska kontakter med Bysantinska riket (Östrom) till vilka de fick avlägga tribut för sitt skydd och rätt att bedriva handel.

Under folkvandringstiden på 600-talet skedde en gradvis inflyttning av slaver (kroater) till området. Kroaterna upprättade på 700-talet ett furstendöme (se Furstendömet Kroatien) och från år 870 betalade Trogir tribut till de kroatiska härskarna.[4] De slaviska migranterna kom med tiden att förändra områdets etniska och kulturella struktur. Genom handel och tilltagande interaktion assimilerades de dalmatiska stadsstaterna med tiden av slaverna. Från åtminstone 1100-talet var den slaviska (kroatiska) etniska komponenten dominerande i Trogir.[4] Under medeltiden upprätthöll staden viss autonomi genom att betala tribut till olika härskare. Staden kontrollerades till största del av Ungern som sedan år 1102 var i personalunion med det medeltida kroatiska kungariket och på 1200–1300-talet kom stadens valda hertigar nästan uteslutande från den kroatiska Šubić-ätten.[4] Med undantag för kortare perioder av bland annat bysantinsk och venetiansk dominans kontrollerades Trogir av Ungern fram till år 1420 då Venedig övertog styret för en längre period. Under det venetianska styret som varade till år 1797 hade Trogir en ekonomisk och kulturell blomstringstid och staden utvecklades till ett humanistiskt centrum.[4]

Efter år 1797 och med undantag för en kort fransk ockupation åren 1806–1813 tillföll staden liksom hela Dalmatien österrikarna som behöll makten fram till första världskrigets slut och Österrike-Ungerns upplösning år 1918. Trogir uppgick därefter i Slovenernas, kroaternas och serbernas stat som samma år gick samman med Serbien och bildade Serbernas, kroaternas och slovenernas kungarike (från år 1929 kallat Jugoslavien).[7] Under andra världskriget ockuperades Trogir åren 1941–1943[4] av det då fascistiska Italien och staden ingick därefter i det dalmatiska guvernementet. Efter den italienska kapitulationen år 1943 intogs Trogir av tyska trupper vilket medförde att de allierade år 1944 flygbombande staden.[8] Något senare samma år[4] intogs Trogir av Titos partisaner och staden integrerades därefter i det återupprättade Jugoslavien. Sedan år 1991 tillhör Trogir det självständiga Kroatien.