พื้นที่รอบทะเลสาบคาวางูจิมีผู้คนอาศัยอยู่มาตั้งแต่ยุคโจมงเป็นอย่างน้อย พื้นที่นี้ตั้งอยู่บนถนนที่เชื่อมระหว่างแคว้นคาอิกับแคว้นซูรูงะ และมีการกล่าวถึงในบันทึกยุคเฮอังซึ่งบันทึกการปะทุของภูเขาไฟฟูจิเมื่อ ค.ศ. 864 ในยุคเอโดะนั้นทั้งหมดของแคว้นคาอิเป็นดินแดนเท็นเรียวอยู่ภายใต้การควบคุมโดยตรงของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ ในช่วงการปฏิรูปที่ดินในยุคเมจิตอนต้นเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 1889 พื้นที่ดังกล่าวอยู่ภายใต้เขตอำนาจของอำเภอมินามิสึรุ จังหวัดยามานาชิ

เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2003 เมืองคาวางูจิโกะ หมู่บ้านคัตสึยามะ และหมู่บ้านอาชิวาดะ ได้รวมกันเป็นเมืองใหม่ชื่อว่าฟูจิกาวางูจิโกะ สำนักงานใหญ่ของลิทธิโอมชินริเกียวตั้งอยู่ในหมู่บ้านคามิกูอิชิกิ ซึ่งพื้นที่ส่วนใหญ่ของหมู่บ้านนี้ถูกยุบรวมเข้ากับเมืองฟูจิกาวางูจิโกะเมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2006