มัสยิดปูตรา (มลายู: Masjid Putra) เป็นมัสยิดที่สำคัญในปูตราจายา ประเทศมาเลเซีย มัสยิดเริ่มก่อสร้างเมื่อปี 1997 จนแล้วเสร็จอีก 2 ปีถัดมา ตั้งอยู่ข้างกับเปอร์ดานาปูตรา ซึ่งเป็นทำเนียบรัฐบาลของมาเลเซีย และทะเลสาบปูตราจายา ทะเลสาบที่สร้างโดยมนุษย์ ด้านหน้าของมัสยิดยังมีจตุรัสที่ประดับด้วยธงแต่ละรัฐของมาเลเซีย