ท่าเรือซานฟรานซิสโกเป็นองค์กรกึ่งอิสระที่ดูแลท่าเรือที่ซานฟรานซิสโก แคลิฟอร์เนีย สหรัฐอเมริกา ดำเนินการโดยคณะกรรมการห้าคนซึ่งได้รับการแต่งตั้งโดยนายกเทศมนตรีและได้รับการอนุมัติจากคณะกรรมการผู้บังคับบัญชา ท่าเรือมีหน้าที่จัดการพื้นที่ริมน้ำขนาดใหญ่ที่ทอดยาวจากที่ทอดสมอของสะพานโกลเดนเกต ไปตามย่านมารีน่า ตลอดทางรอบชายฝั่งทางเหนือและตะวันออกของเมืองซานฟรานซิสโก รวมทั้งท่าเทียบเรือประมงและเอ็มบาร์กาเดโร และทางใต้ สู่เส้นเมืองเหนือจุดเชิงเทียน ในปี พ.ศ. 2511 รัฐแคลิฟอร์เนีย โดยผ่านคณะกรรมการที่ดินแห่งรัฐแคลิฟอร์เนียสำหรับการท่าเรือซานฟรานซิสโกที่ดำเนินการโดยรัฐ (ประมาณ พ.ศ. 2500) ได้โอนความรับผิดชอบสำหรับบริเวณริมน้ำ ท่าเรือซานฟรานซิสโก ไปยังเมืองและเทศมณฑล ของซานฟรานซิสโก / San Francisco Harbor Commission ผ่าน Burton Act AB2649 พนักงานท่าเรือของรัฐที่มีสิทธิ์ทุกคนมีทางเลือกที่จะเป็นพนักงานของเมืองและเคาน์ตีของซานฟรานซิสโก เพื่อรักษาการดำเนินงานที่สอดคล้องกันของท่าเรือซานฟรานซิสโก

ท่าเรือซานฟรานซิสโกตั้งอยู่บนขอบด้านตะวันตกของอ่าวซานฟรานซิสโกใกล้กับโกลเดนเกท มันถูกเรียกว่าเป็นหนึ่งในสามท่าเรือธรรมชาติที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในโลก แต่ต้องใช้เวลาสองศตวรรษนานสำหรับนักเดินเรือจากสเปนและอังกฤษเพื่อค้นหาที่ทอดสมอที่เดิมเรียกว่า Yerba Buena ซึ่งเป็นท่าเรือดังที่กล่าวไว้ในสมัยก่อนซึ่งทั้งหมด กองเรือทั่วโลกสามารถหาที่ทอดสมอได้

บริเวณท่าเรือภายใต้การควบคุมของคณะกรรมาธิการประกอบด้วยที่ดินริมน้ำ อสังหาริมทรัพย์เชิงพาณิชย์ และท่าเรือทางทะเลเกือบแปดไมล์จากถนน Hyde ทางเหนือไปยังลุ่มน้ำอินเดียทางตะวันออกเฉียงใต้ รายชื่อสถานที่สำคัญภายใต้การควบคุมท่าเรือ ได้แก่ Fisherman's Wharf, Pier 39, Ferry Building, Oracle Park (เดิมชื่อ AT&T Park, SBC Park และ Pacific Bell Park) ซึ่งอยู่ติดกับ China Basin และ Pier 70 ที่ Potrero Point เสาขนาดใหญ่ที่มีหลังคาปกคลุมซึ่งยื่นออกไปสู่อ่าวซานฟรานซิสโกตามแนวริมน้ำส่วนใหญ่ ล้อมรอบด้วยถนนเอ็มบาร์กาเดโร ในปี 2015 เมืองซึ่งดำเนินการผ่านท่าเรือซานฟรานซิสโก ได้เปิดตัวโครงการความปลอดภัยและการป้องกันภัยพิบัติจากแผ่นดินไหวที่ชายฝั่งทะเลซานฟรานซิสโก (โครงการ Seawall)