ตามตำนานแล้ว สาธารณรัฐซานมารีโนมีประวัติศาสตร์ย้อนไปถึง พ.ศ. 844 โดยช่างหินชาวคริสต์คนหนึ่ง ชื่อว่ามารีนุส ได้หนีการตามล่าทางศาสนา มาหลบภัยและตั้งถิ่นฐานบริเวณมอนเตตีตาโน ซึ่งเป็นที่ตั้งของซานมารีโนในปัจจุบัน มารีนุสภายหลังได้รับแต่งตั้งเป็นนักบุญ ซึ่งเป็นที่มาของชื่อ (ซานมารีโน แปลว่านักบุญมารีนุส ในภาษาอิตาลี) ซานมารีโนถือเอาวันที่ 3 กันยายน พ.ศ. 844 เป็นวันก่อตั้งสาธารณรัฐ[1]

ซานมารีโนสามารถรักษาเอกราชไว้ได้เกือบตลอดประวัติศาสตร์ เนื่องจากตั้งอยู่บนภูเขาสูงยากแก่การเข้าถึง และความขาดแคลนทรัพยากร ในช่วงการรวมชาติอิตาลี ซานมารีโนได้เป็นที่ลี้ภัยของนักปฏิวัติที่สนับสนุนการรวมชาติ ทำให้ในเวลาต่อมา อิตาลีภายหลังการรวมชาติได้ลงนามสนธิสัญญายอมรับเอกราชของซานมารีโน

ในสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง ซานมารีโนประกาศสงครามกับออสเตรีย-ฮังการีในวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2458 หลังจากที่อิตาลีประกาศสงครามในวันที่ 23 พฤษภาคม[2] ซานมารีโนเข้าเป็นสมาชิกคณะมนตรียุโรปใน พ.ศ. 2531 และสหประชาชาติใน พ.ศ. 2535