1994 yılında Ruanda gerçekleştirilen soykırım esnasında Ruandalı mültecilerin yoğun olarak kaçtığı yerlerden biri konumunda olan Goma'ya, bir milyonun üzerinde mültecinin sığınması ile kolera salgını baş göstermiş ve binlerce hayata mal olmuştur. 1997 ve 1998 yıllarında ise diktatör Mobutu hükumdarlığının sona ermesi ile baş gösteren Kongo iç savaşının yaşandığı bir dönemde, kendi ülkelerinden kaçan Hutuları takip bahanesi ile Goma, Ruanda askeri güçleri tarafından işgal edilmiş, kaçan Hutuların yanı sıra sivil halkta bu çatışmalarda ölmüştür. 2002 yılında volkanik bir dağ olan Nyiragongo'da gerçekleşen patlamalar ile akan lavlar, şehrin büyük bir bölümünde hasar oluşturmuş, Goma Uluslararası Havaalanı pistinin bir bölümü den lavların oluşturduğu tabakanın altında kalmıştır.

Şehir 21 Kasım 2012 tarihinde devlet başkanı Joseph Kabila ve merkezi hükûmet karşıtı ayrılıkçı örgüt M23 tarafından işgal edilmiş, bu işgale bölgede konuşlandırılmış BM askeri güçleri müdahalede bulunmamıştır. 1 Aralık 2012 itibarıyla örgüte verilen sürenin dolması ile birlikte örgüt şehirden çekilmiştir.