Вперше Беллінцона згадується у 590 році як стратегічний пункт на шляху до перевалу Сен-Готтард і Сен-Бернарського перевалу. З 1242 року місто належало міланським правителям. У XII–XIV століттях у місті, завдяки його розташуванню на важливому торговельному шляху, процвітала торгівля. У другій половині XIV століття поперек долини річки Тічино міланського герцога Вісконті була вибудувана довга стіна, що дало можливість Мілану захищати торгові шляхи і стягувати податок за проїзд до перевалу Сен-Готтард. Після смерті в 1402 році герцога Джан Галеаццо Вісконті місто кілька разів змінювало власників, боротьбу за право володіння стратегічно важливим об'єктом на торговельному шляху вели герцоги Мілана і Турина. Військові дії припинилися тільки після приходу до влади міланського герцога Сфорца. Однак, у 1478 році мир знову було порушено нападом з боку швейцарців. Після цього міланськими правителями була проведена реконструкція і посилення укріплень двох замків, покликаних захищати місто. На місці башти, побудованої за 200 років до цього, був споруджений замок Сассо Корбато.

У 1499 році період міланського правління закінчився із завоюванням Мілана французьким королем Людовіком XII. Він захопив Беллінцону, у якій розмістив королівські війська чисельністю 1000 чоловік. Взимку 1499–1500 рр. у результаті збройного повстання громадян міста французька армія була вигнана, а 14 квітня 1500 року Беллінцона приєдналася до Швейцарської Конфедерації[1].

У 1803 році Беллінцона стала частиною незалежного кантону Тічино і до 1814 року була його столицею. З цього часу до 1878 року столицею кантону по черзі були Беллінцона, Лугано і Локарно, змінюючись через кожні 6 років.