Головна вулиця міста - Авеніда Сан-Мартін

До приходу європейців у цій місцевості жили індіанці теуельче, які прибули сюди близько 9000 років тому[1].

На початку своєї історії селище було лише зупинкою на шляху транспортування вовни з інших поселень регіону. Подібні зупинки робили кожні 3 ліги, оскільки саме таку відстань могли пройти воли за день.

Перше поселення на місці, де зараз знаходиться місто Ель-Калафате, виникло на початку XX століття. 1913 року у цій місцевості побудував своє ранчо Армандо Гільйон[2]. Невдовзі до нього приєдналися ще дві родини.

7 грудня 1927 року місто було офіційно засноване аргентинським урядом з метою консолідувати населення місцевості[3].

1930 року у місті відкрилася перша школа, у якій навчалося 26 учнів, а 1934 — перший шпиталь[4].

26 листопада 1973 року Ель-Калафате було офіційною визнано містом законом № 847 уряду провінції Санта-Крус[2].

Одним з головних лобістів створення Ель-Калафате й інших поселень регіону була Адміністрація Національних Парків Аргентини. У 1943 році розпочалися роботи зі спорудження управління Національного парку Лос-Гласьярес, які завершилися 1946 року. На той час Ель-Калафате налічувало близько сотні постійних мешканців. Впродовж багатьох років Адміністрація національних парків була головною організацією міста, яка постачала електроенергію, відкрила перший кінотеатр, будувала дороги та готелі, сприяла розвитку інфраструктури містечка.

За останні роки у місті було збудовано газопровід Болеадорас — Ель-Калафате довжиною 60 км і асфальтовану дорогу до популярного у туристів льодовика Періто-Морено протяжністю 80 км.

2000 року у місті відкрився аеропорт.

Своєю назвою Ель-Калафате завдячує індіанській назві барбарису самшитолистого, яка мовою теуельче звучить як калафате.