Місто було засноване древніми лузитанами та спочатку називався Еборою. У 80-72 роках до н. е. служило резиденцією бунтівного полководця Серторія. На відзначення привілеїв, дарованих місту Цезарем, воно було перейменоване у Liberalitas Julia. З V століття згадуються місцеві єпископи.

У 712 році Евора була завойована маврами, які називали її Жабурой.

1146 року Евору звільнили португальські війська. Для захисту місцевого замку і поселення було створене Еворське братство, на базі якого виник лицарський Авіський орден. 1166 року португальський король Афонсу І надав Еворі форал, яким визнав за поселенням статус містечка та муніципальні самоврядні права.

У XV і особливо XVI століттях, при монархах Авіської династії, Евора часто служила місцем перебування королівського двору. Це час вважається її золотим століттям. У 1663-65 роах окупована іспанцями. У 1559–1759 роках у місті працював університет.

У XVIII столітті політичне та економічне значення Евори впало. Найпомітнішою подією XIX століття стала капітуляція короля Мігеля 1832 року, яка завершила період громадянських воєн у Португалії.