Будівництво паломницької церкви святого Яна Непомуцького недалеко від Ждярського монастиря було здійснено завдяки багаторічній тісній та надзвичайно продуктивній співпраці двох визначних — абата ждярського монастиря цистерціанського ордену Вацлава Веймлуви ордена, який був шанувальником Яна Непомуцького ще до його благословління, та відомого архітектора Яна Блажея Сантіні-Айхла. Підготовка проекту була розпочата у 1719 році. Вважається, що це була безпосередня реакція абата на знахідку уцілілої тканини в могилі Яна Непомуцького в соборі святого Віта 15 квітня 1719 року. Проектування споруди було доручено Сантіні, якому абат Веймлува передав свої уявлення про вигляд нової святині та використовуваної символіки, що повністю відповідало вимогам церкви: «Завдання належить отцям, виконання — художнику». Сантіні сприйняв проект абсолютно по-своєму, без врахування прийнятих в ті часи форм церковних будівель, він прийняв лише точку зору того часу на структуру паломницького ареалу.

Проект був виконаний надзвичайно швидко, проте для Сантіні в цьому не було нічого незвичайного. Окрім всього іншого, замовник і архітектор багато років співпрацювали в області символіки та кабалістичної науки, в якій були обоє досить свідомими та яка в більшій мірі застосована в проекті.[1]

Враховуючи передбачуване значення церкви і навантаження, яке на нього ляже, з належною розсудливістю необхідно було вибрати і місце для будівництва всього комплексу. Вибране місце розташування повинно було відповідати як просторовим вимогам, так і сприяти посиленню впливу неабиякою архітектурною формою. Пагорб, що знаходиться в східному напрямку від монастиря, на якому мала бути побудована паломницька церква, спочатку був вкритий густим лісом. Цьому відповідала і його назва — «Чорний ліс». У зв'язку з будівництвом, ліс був вирубаний, а височина названа «Зеленою горою», що було, власне кажучи, посиланням на головний монастирський будинок Ждярського монастиря і одночасно місце народження Яна Непомуцького.

Будівництво церкви було розпочато 13 серпня 1719 року. 16 травня 1720 року на місці будівництва відбулися урочистості, присвячені укладанню наріжного каменя, і основне будівництво церкви було найімовірніше завершена вже у 1721 році. У 1722 році святиня була тимчасово оснащена і прикрашена. 27 вересня 1722 відбулося перше урочисте освячення, але роботи в комплексі після цього ще тривали. Необхідно було завершити клуатр, фундамент якого, швидше за все, був ще засипаний ґрунтом. Остаточно будівництво було завершене у 1727 році, а клуатр був повністю завершений тільки близько 1740 року.

У горизонтальній проєкції церква побудована у вигляді п'ятикутної зірки. Підставою для цього послужила легенда про те, що на місці, де Ян Непомуцький потонув, з'явилася корона з п'яти зірок. Цей символ повторюється і в інших елементах споруди. Комплекс має п'ять входів, в церкві є п'ять каплиць з п'ятьма вівтарями. З п'яти букв складається і латинське слово TACUI — я мовчав. Це виклад легенди, згідно з якою святий позбувся життя за те, що не видав таємницю сповіді королеви Софії. Домінантою купола церкви є великий червоний язик, атрибут св. Яна Непомуцького, оточений кільцем з полум'ям, через яке просвічують промені. Але це вже результат зміни первісного проекту, згідно з яким на цьому місці була центральна десятиконечная зірка. Але потім проектувальник відреагував на той факт, що для нової святині була придбана рідкісна реліквія — лінгула св. Яна Непомуцького (кістку, до якої прирощений язик), і цей факт він використав для посилення значення храму, а саме у вигляді релікварію. Зображення язика має служити символом переможної зброї — меча мученика Яна. Тому й деякі вікна мають форму язика, а саме вікна в ліхтарних каплицях над вхідними вестибюлями. Інші вікна мають форму єпископської митри, що вказує на роль будівельника абата Вацлава Веймлуви. І, нарешті, остання форма, використана в оформленні вікон — це сферичний рівносторонній трикутник, що символізує Святу Трійцю.

Вівтар — центральну і найважливішу частину оснащення — проєктував особисто архітектор Сантіні. Фон вівтаря створює багато прикрашений і зібраний на карнизі балдахін. Центральної скульптурою є статуя святого Яна Непомуцького, що стоїть на Земній кулі. При погляді на святого здається, що він піднімається вгору. П'ять восьмикутних цистерціанських зірок на Земній кулі уособлюють п'ять континентів, на яких поширювалося християнство. Земну кулю оточують три ангели, композиційно розміщені у формі літери V, два інших ангела по сторонам відсувають балдахін, що створює тло всієї картини. Над головою святого розміщуються троє маленьких янголят, з яких один тримає в руці ключ, другий — печатку, що можна знову ж сприймати як символ мовчання святого. Бічні вівтарі присвячені чотирьом євангелістам: Матвієві — з книгою, Маркові — з левом, Луці — з биком і Іоанові — з орлом. Срібну статую святого Яна Непомуцького ​​за моделлю скульптора Тені виготовив празький ювелір Ян Норберт Дізбах.

Клуатр навколо храму в горизонтальній проєкції має форму десятиконечної зірки з п'ятьма воротами. Дахи воріт спочатку прикрашали статуї п'яти чеснот Яна. Досі збереглися лише три з них, поряд з ними також перебували фігури щитоносців. У джерелах того часу згадують також дзвони, яких було теж п'ять. У клуатрі є п'ять каплиць, одна з яких прикрашена фресками. Ця каплиця називалася Німецькою, так як у ній служили меси німецькою мовою.