Ла-Рошель була заснована в X столітті . У XII і XIII столітті була важливим містом ордену тамплієрів, які побудували тут великий порт. У Ла-Рошелі досі існує вулиця Тамплієрів. До XV століття Ла-Рошель була найбільшим портом Франції на атлантичному узбережжі. Торгівля велася переважно вином і сіллю . У епоху Відродження Ла-Рошель відкрито прийняла ідеї Реформації і з 1568 року стала центром гугенотів, що принесло місту нетривалий період розквіту і миру. У 1622 році герцог де Гіз знищив флот Ла-Рошелі, що знаходився під командуванням Жана Гітонья.

Після того, як солдати Ла-Рошелі 10 вересня 1627 року вступили в бій проти королівських французьких військ, король Людовик XIII наказав почати облогу Ла-Рошелі, яка закінчилася її взяттям в 1628 році, а також новими переслідуваннями гугенотів, які досягли своєї вищої точки у скасуванні Нантського едикту Людовіком XIV. Багато гугенотів втекло з країни, в 1689 році вони заснували в Північній Америці місто Нью-Рошель. В епоху колоніалізму Ла-Рошель відігравала важливу роль в торгівлі між Африкою, Північною Америкою і Європою.

Протягом Другої світової війни німці побудували поряд з Ла-Рошелью бункер для підводних човнів, що зберігся до сьогоднішніх днів. Через сильний опір загарбників, Ла-Рошель стала останнім звільненим містом Франції. Німецький комендант здався лише опівночі 8 травня 1945.