Назва Ліндау вперше згадується в документі 882 року, де чернець з Санкт-Галлену пише, що Адальберт, граф Раетіа, заснував жіночий монастир на острові. Але район міста був заселений набагато раніше, залишки раннього римського поселення 1-го століття були знайдені в районі Ешах.

У 1180 була заснована церква Святого Стефана. У 1224 францискани заснували монастир на острові. У 1274 / 75 роках Ліндау стало імперським Вільним містом при королі Рудольфі I. У 1430 році, близько 15 євреїв Ліндау були спалені на багатті за звинуваченням у вбивстві християнської дитини. У 1528 році Ліндау прийняло протестантську Реформацію. Після Тридцятирічної війни, в 1655 році, був проведений перший Lindauer Kinderfest (дитячий фестиваль) в пам'ять про час війни.

Після розпуску Священної Римської імперії Ліндау втратило свій статус імперського Вільного міста в 1802 році. У 1804 році місто було під владою Австрії, але у наступному році повернулось в Баварію.

У 1853 році була побудована гребля для прокладання залізниці з Мюнхена на острів. У 1856 році був побудований новий порт, з характерною пам'яткою, скульптурою лева.

Після Другої світової війни Ліндау потрапило під владу французької адміністрації і було включено спочатку у Вюртемберг-Гогенцоллерн, а потім у Баден-Вюртемберг. У 1955 році Ліндау повернулось до Баварії.

Ліндау має популярність серед туристів і відпочивальників завдяки середньовічному центру та Боденському озеру. З 1951 року у місті проходять конференції лауреатів Нобелівської премії.