Матара історично належить до тієї області, яка називалася Королівством Ругуна, яке було одним із трьох королівств Шрі-Ланки (Тун Сінгалая තුන් සිංහලය). За версією бгікшу Тотаґамуве Шрі Рагула Тера, король Веерабамапанам зробив Матару своєю столицею і назвав її «Мапатуна». Храм посеред міста також був побудований стародавніми царями і є дуже популярним священним місцем серед буддистів цього району.

У XVI і XVIII століттях Матара була під правлінням португальців і голландців.

У 1756 році голландці захопили Морську провінцію і розділили її на чотири адміністративні округи — Сабараґамува, Сат Корле, Сатара Кореле і Матара. Серед цих округів провінція Матара займала найбільшу площу (по суті всю Південну провінцію аж до річки Калуґанґа). У справі, яку король Дгармапала передав голландцям, було зазначено, що територія району Матара простягалася від Шрі-Джаяварденепура-Котте до річки Валаве Ґанґа.

У 1760 році форт був успішно атакований військами королівства Канді. Форт Матара утримувався у руках сингальців майже один рік. У 1762 році голландці відбили форт Матара без особливого опору. Після форту Ґалле форт Матара був другим за значенням фортом для південних морських провінцій Голландського Цейлону та командною базою для деяких внутрішніх фортів.

У 1796 році форт було урочисто передано англійцям. Голландську і англійську культуру та архітектуру все ще можна побачити по всій місцевості. Маяк Дондра був побудований голландцями і вважається одним з найкрасивіших і найстаріших маяків Шрі-Ланки. Дві фортеці, форт Матара і форт Стар, які були побудовані голландцями, можна побачити в місті. Інші важливі колоніальні твори — церква Св. Марії та площа ринок Нуп.

Найбільш відомими мислителями, які жили в цьому районі, були Кумаратунґа Мунідаса і Ґаджаман Нона. Етнічна більшість Матари — сингальці; протягом XVI і XVII століть в цей район прибули ларакалли (маври) як торговці з Аравії. Сьогодні їхні нащадки мирно співіснують із сингальцями, будучи етнічною меншиною.