Після здобуття Індонезією незалежності від Нідерландів в 1949 виникла думка побудувати національну мечеть для цієї нової республіки, личить для країни з найбільшим мусульманським населенням в світі. Цю думку про будівництво великої індонезійської мечеті вперше висловили Вахід Хасім, перший міністр Індонезії у справах релігії, і Анвар Чокроаміното, пізніше призначений головою фонду мечеті.

У 1953 заснований комітет з будівництва мечеті Істікляль на чолі з Чокроаміното, який представив проект індонезійському президенту Сукарно, який вітав його і згодом взяв будівництво мечеті під свій контроль.

Сукарно активно стежив за плануванням і будівництвом мечеті, в тому числі головував в журі конкурсу з відбору проектів мечеті, проведеного в 1955 році. Переміг проект, представлений Фредеріком Сілабаном, архітектором християнського віросповідання.

24 серпня 1961 Президент Індонезії Сухарто заклав перший камінь в підставу мечеті, будівництво зайняло сімнадцять років, 22 лютого 1978. Вона як і раніше є найбільшою мечеттю в регіоні і вміщує понад 120 000 осіб одночасно.