Після взяття арабами 712 року місто на три століття стало головним оплотом ісламу на території Індії. У IX столітті Мултан був східним центром руху карматів. 1005 року місто підкорилось Махмуду Газневі. У Середні віки за Мултан йшла жорстока боротьба, оскільки саме звідси починався Великий колісний шлях до Індії.

Місто входило до складу Делійського султанату та імперії Моголів. 1779 року Мултан захопили афганці, а 1818-го — сикхи, від 1849-го — в складі індійських володінь Британської імперії.

Від 1947 року Мултан — у складі новоствореного незалежного Пакистану.