За церковною легендою, церкву заснував Франциск Ассізький. Він помер у 1226 році, а церква згадана в документах за 1229 рік. Зафіксовано початок нових будівельних робіт 12 травня 1294 року, тобто це була перебудова, ймовірно, за проектом архітектора Арнольфо ді Камбіо.

Це була одна з багатьох перебудов церкви, яка зберегла її готичний характер. Вікна прикрашені вітражами. Над оздобами церкви працювало декілька поколінь майстрів Флоренції різних мистецьких епох: Джотто, Андреа Орканьї, Донателло, Таддео Гадді, Джорджо Вазарі, Бенедетто да Майано. Останній зробив рельєфи зі сценами життя Франциска Ассізського на кафедрі.