У стародавні часи Сейюн був важливим центром на Шляху пахощів.

Гірське плем'я Хамдані (англ. Hamdani) з околиць Саани розширило володіння до Ваді Хадрамаут і заснували Сайвун в 1494 рік році. Так в XV столітті Сейюн став столицею правителів з роду Катірі. Їх лідером став Амір Бадр Ібн Катірі Таварік, засновник династії Катірі, які як султани правили містом і його околицями з 1516 року. [1]

З часом султанат Катірі увійшов до складу британського протекторату Аден.

Влітку 1974 року в Сайвуні пройшов перший конгрес жінок Ємену [2].