Церква Сан-Франсиску була побудована в 1943 році як один з архітектурних елементів адміністративного району Пампулья, будівництво якого почалося в 1940 році навколо однойменного штучного озера. Ініціатором будівництва Пампульі був мер Белу-Орізонті Жуселіну Кубічек, майбутній президент Бразилії.

Церква є одним із найвідоміших зразків бразильського модернізму . Вона була побудована за проєктом архітектора Оскара Німеєра та інженера Жуакіна Кардозу . Архітектурний стиль храму та його розписи від початку викликали негативну реакцію архієпископа архієпархії Белу-Орізонті Антоніу Дус Сантус Кабрала. Він заявив, що храм непридатний для богослужінь . Протягом 14 років у церкві не дозволяли проводити богослужіння через її вкрай незвичайні форми та розписи. З певних ракурсів форма храму нагадує серп та молот (відомо, що Німеєр був переконаним комуністом).[1]

Наступник Жуселіну Кубічека на посаді мера після невдалих спроб зруйнувати храм наповнив приміщення церкви предметами культу різних напрямів мистецтва. Пізніше храм перейшов у власність Національного департаменту художньої та історичної спадщини. Після того, як храм було відреставровано у 1958 році, єпископ архієпархії Белу-Орізонті освятив церкву у квітні 1959 року.