Tên gọi Lindau lần đầu tiên được nhắc đến trong một quyển viết năm 882 của một tu sĩ dòng Thánh St. Gallen, nói là ông Adalbert, thuộc tổng Raetia, đã lập ra một tu viện trên hòn đảo này. Tuy vậy, nhiều di tích từ thời đế chế La Mã thế kỷ 1 đã được tìm thấy ở huyện Aeschach có liên quan đến tên gọi này.

Năm 1180, nhà thờ thánh St. Stephan được xây dựng. Năm 1224, những người theo dòng thánh St. Francis của Assisi đã lập ra một tu viện trên đảo này. Khoảng năm 1274/75 Lindau trở thành thành phốddee quốc tự do dưới thời vua Rudolph I. Năm 1430, khoảng 15 người theo đạo do thái trong thành phố bị thiêu hỏa sau khi bị buộc tội giết chết một đứa trẻ Công giáo.[1][2] Năm 1528, Lindau theo phong trào tin lành. Ban đầu thành phố theo nhánh Tetrapolitan, sau đó nhánh Augsburg. Sau khi Đế quốc La Mã Thần thánh giải tán, Lindau mất quyền lợi là một thành phố tự do 1802, cả tu viện nữ mà đã có từ ngàn năm nay cũng bị thế tục hóa. Thành phố rơi vào tay công tước Karl August von Bretzenheim mà đã giao thành phố này cho vương quốc Áo 1804. 1805 theo hiệp ước Pressburg Áo đã trả thành phố này lại cho Bayern.