（大约公元前二十三世纪）一个泥板出现较晚，描述阿卡德的萨尔贡统治，有可能表明了巴比伦更加久远的历史。所谓的韦德纳年表说，萨尔贡在“阿卡德前面”建立了巴比伦。（ABC 19：51）另外一个年代较晚的年表也类似地说，萨尔贡“挖起巴比伦坑里的泥土，在阿卡德附近建立与其配对的城市巴比伦”。（ABC 0：18-19）凡·德·米鲁普（Marc Van de Mieroop）认为这些资料讲述的可能是年代较晚的新亚述帝国国王萨尔贡二世而不是阿卡德的萨尔贡。[1]

语言学家伊格纳斯·盖尔布（英语：Ignace Gelb）认为Babil这个名字是对一更早城名的模仿。黑茨费尔德（Herzfeld）写过在古伊朗境内的伯尔（Bawer），Babil这个名字可能与Bawer有关系。大卫·洛尔（David Rohl）则认为起初巴比伦相同于埃里都。《圣经》中《创世記10：10》说：寧錄Nimrod是巴别（巴比伦）的最初建立者。琼·奥特兹（Joan Oates）在她书里的把巴比伦译作“上帝的通路”，已不再被现代学者接受。

在公元前十九世纪左右，美索不达米亚平原南部的大片地区被亚摩利人所占据。亚摩利是来自北方黎凡特地区的游牧部落。他们是闪语族人，和生活在巴比伦尼亚、亚述的阿卡德人一样。但是前者原本不是农民，他们采取着半游牧的生活方式，圈养羊。随着时间的流逝，亚摩利谷物商人崛起，在美索不达米亚平原南部的几个城邦建立了自己的王朝，最著名的有伊辛、拉尔萨、艾什努那、拉格什与后来的巴比伦。

经典的年代测定

科泰夏斯称自己能够接触到来自巴比伦档案馆的手稿。这些手稿可以追溯到公元前2286年在位五十年的国王贝尔斯（Belus）建立巴比伦的年代。[2]狄奥多罗斯与乔治·辛斯勒（George Syncellus）的年代表引用过他的话。另外的年代数据来自于辛普利丘斯（Simplicius）[3]。他记载卡里希尼斯在公元前四世纪时旅行到巴比伦，然后发现楔形文字泥板上最早的天文观测记录比亚历山大大帝于公元前331年征服巴比伦早1903年。331年加上1903年等于2234年。公元前2234年可以作为巴比伦建立的年代。伯诺索斯（Berossus）提出了另外一个相近年代。他根据普林尼（Pliny）[4]提出在巴比伦进行的最早的天文观测比希腊的浦洛纽斯（Phoroneus）时代早490年，也就是公元前2243年。拜占庭的思特凡努斯（Stephanus）写道巴比伦的建立比特洛伊之战的年代（公元前1229年，由米蒂利尼的赫拉尼库斯提出）早1002年，也就是说巴比伦的建立可以追溯到公元前2231年。[5]这些年代都把巴比伦的建立定位在公元前二十三世纪。可是在近几个世纪破译楔形文字以来，人们并没有发现与这些经典观点（后楔形文字）相符的楔形文字记录。

古巴比伦时期

公元前2006年，埃兰人入侵两河流域，摧毁了阿卡德人和苏美尔人建立的乌尔第三王朝。第一个巴比伦王朝由一个名叫苏穆-阿布阿摩利酋长于公元前1894年建立。他宣布从邻近的城邦卡扎鲁（Kazallu）独立，以幼发拉底河河畔的巴比伦城为首都。从那时起，美索不达米亚就被称为“巴比伦尼亚”，那里所有居民都被称为巴比伦人。亚摩利人和苏美尔人、阿卡德闪族人不同，他们不是美索不达米亚的土著人。他们来自西边的土地，是半游牧的闪族入侵者。公元前21世纪到公元前20世纪期间，美索不达米亚北部古亚述帝国强大的国王们干预亚摩利人控制美索不达米亚南部的阿卡德语城邦。可是在亚述人把他们的注意力转向殖民小亚细亚之后，亚摩利人终于开始取代南部的土著统治者。

巴比伦控制着周围一小片领土，一直被笼罩在更加古老，更加强大的城邦的阴影下，例如亚述、以栏、伊辛和拉尔萨。大约是一个世纪后，它成为汉谟拉比的短命王朝的首都，情况才发生了变化（于公元前1792年到公元前1750年之间）。汉谟拉比因把巴比伦尼亚的法律编纂成汉谟拉比法典而闻名于世。这对法学思想有着深远的影响。

汉摩拉比用武力统一了两河流域后，建立了一个中央集权的专制国家。他个人集宗教、军事、 行政、司法和水利建设等各种大权于一身。为了更有效的统治自己的国家，他颁布了著名的《汉摩拉比法典》。法典共282条，刻在一块高2.25米的黑色玄武岩石柱上[6]，是迄今发现的最早完备成文的法典。

 巴比伦古城的全景图，位於巴格达南85公里。

在汉谟拉比统治后，整个美索不达米亚平原南部被称作巴比伦尼亚。平原北部在几个世纪前就已经被亚述统一。在汉谟拉比死后，他的帝国迅速瓦解。这个亚摩利王朝对面积大幅度缩水的巴比伦尼亚进行统治，一直维系到公元前1595年。[7]在这时候，属于印欧语系的赫梯人从小亚细亚入侵。

在赫梯人劫掠巴比伦之后，从古伊朗西北部扎格罗斯山脉涌来、早已定居于此的加喜特人，将赫梯人掠走的巴比伦主神马尔杜克的神像夺回，将其与加喜特王族的守护神舒卡穆纳（Shuqamuna）同等供奉，并就此开始统治巴比伦，领导一个王朝。这个王朝持续了435年，一直延续到了公元前1160年。巴比伦城市在这期间改名为柯瑞狄尼阿什（Karanduniash）。

可是加喜特巴比伦最终成为了他们美索不达米亚同胞——北部的中亚述帝国（公元前1365年——公元前1053年）和东部的埃兰——的附庸。在加喜特时期，这两个强权经常干涉、劫掠或控制巴比伦。在公元前1235年，亚述王图库尔提-尼努尔塔一世继承了巴比伦的王位，成为第一个统治这里说阿卡德语的美索不达米亚土著人。

据估计，巴比伦在公元前1770年到公元前1670年和公元前612年到公元前320年是世界上最大的城市。它可能是第一个人口突破二十万的城市。[8]据估计，它城市面积最大时大约在890[9]至900公顷之间。[10]

到了公元前1155年，在亚述人和以栏人持续的侵略下，加喜特人失去了在巴比伦的控制权。然后一个说阿卡德语的美索不达米亚平原南部本土朝代第一次统治了这块地区。可是巴比伦国力羸弱，是亚述的附庸。它无能的国王无力阻止来自国外的西闪语族移民者进入、开发巴比伦尼亚——公元前11世纪移民者由阿兰人、苏特人（Suteans）构成，公元前10世纪主要是迦勒底人。在公元前十一世纪后期阿兰人短暂地统治过巴比伦。

 在巴比伦战争期间的辛那赫里布 他在尼尼微的宫殿的浮雕亚述时期

贯穿整个新亚述帝国时期，巴比伦尼亚在亚述持续的统治下或者間接控制下。在亚述的辛那赫里布统治期间，巴比伦尼亚经常出现暴动，由迦勒底酋长麦若达赫·巴拉丹二世领导，与以栏人结盟。在巴比伦城被彻底摧毁后，暴动才被镇压下去。在公元前689年，它的城墙、寺庙和宫殿被夷爲平地，瓦礫被抛到早期巴比倫南部邊境処一片被稱爲“阿拉圖（Arakhtu）”的海域中。這種對宗教中心的摧毀，震驚了大衆。而幾年之後，辛那赫里布在向尼斯洛神（Nisroch)祈禱時，被自己的兩個兒子謀殺，也被認爲是遭到了神明的天譴。辛那赫里布的亚述继承者萨尔哈东火速重建古老的城市，在这里加冕，每年都在此居住一段时间。萨尔哈东死后，巴比伦尼亚留给他年长的儿子——亚述王子沙玛什顺乌金统治。沙玛什顺乌金在因巴比伦民族主义变得狂热后，在公元前六百五十二年对他的哥哥兼主人亚述巴尼拔发动了内战。亚述巴尼拔在尼尼微统治着国家。沙玛什顺乌金得到了臣服于亚述的民族的帮助，包括以栏人、迦勒底人、两河流域南部的苏特人和在两河流域以南沙漠居住的阿拉伯人。

巴比伦又一次被亚述人围攻，它的盟友突然垮掉，在饥荒中投降。亚述巴尼拔髒化这个城市，庆祝了一个和解仪式，但不冒险与主（Bel）“握手”。一个名叫坎达拉努的亚述总督受到信任来统治这个城市。在亚述巴尼拔死后，亚述帝国因为一系列的小内战而开始解体。亚述-埃提尔-伊兰尼、辛-舒姆-利希尔和最后的辛-沙-里施昆三个亚述国王接连统治。可是，巴比伦民族主義者[11]最后像许多其他近东族群一样，利用亚述内部混乱的状态，趁机脱离了亚述的统治。随后亚述帝国被民族联盟推翻了，巴比伦人见到了另外一个神圣复仇的例子。[12]

新巴比伦迦勒底帝国

在迦勒底国王那波勃来萨的统治下，巴比伦终于摆脱了亚述的统治。他与基亚克萨雷斯——米提亚人、波斯人、斯基泰人、西米里人的国王结盟，在公元前612年到公元前605年之间摧毁了亚述帝国。巴比伦因此成为了新巴比伦帝国的首都（有时且有可能被错误地叫做迦勒底帝国）。[13][14][15]

随着巴比伦恢复独立，建筑工程的新纪元随之而来。那波勃来萨的儿子尼布甲尼撒二世（公元前605年——公元前562年）把巴比伦打造成古代世界的奇迹之一。[16]尼布甲尼撒二世下令全部重修帝国的庭院，包括重建七曜塔（Etemenanki ziggurat）和建造伊什塔尔城门——环绕巴比伦周围的八个门中最壮丽的一个。柏林帕加马博物馆拥有伊师塔门的重建版。原来的伊师塔门只留下了地基和散落的砖。

尼布甲尼撒也对空中花园（古代世界的七大奇迹之一）的建造有功。传说他为了思乡的妻子安美依迪丝（Amyitis）而建造了这个花园。它是否存在存有争议。尽管德国考古学家罗伯特·考德威（Robert Koldewey）的发掘被认为发现了它的地基，许多历史学家不同意它的位置，也有些历史学家相信它与亚述首都尼尼微的花园混淆了。[17]

迦勒底人的统治没有持续多长时间。人们不清楚涅里格利沙与拉巴施马尔杜克是迦勒底人还是土著巴比伦人。最后一个统治者那波尼德（公元前556年—公元前539年）和他的儿子摄政王伯沙撒是来自哈兰的亚述人。

波斯夺取巴比伦

在公元前539年，新巴比伦帝国在俄庇斯之战（Battle of Opis）中被波斯国王居鲁士二世击败。巴比伦著名的城墙确实是刀枪不入，只有通过城门或者通过幼发拉底河才能进入。幼发拉底河在厚实的城墙下面退潮。河流流入和流出处都配有金属大门，防止有能力潜水且能够游到大门的入侵者。居鲁士（或者他的将军）制订了一个利用幼发拉底河进入城市的计划，命令多批部队停留原地，等候指令。一直等到巴比伦人全国性节日的夜晚（普遍认为是《但以理书》第五章里伯沙撒王的宴会），居鲁士部队改变幼发拉底河上游的河道，导致幼发拉底河水位下降到男人大腿中部高或者全干。士兵通过河道在墙下方行进。波斯军队占领了城市内部的外围区域，因此市中心就很容易拿下了。希罗多德详尽地描述了这一历史事件[18]。《希伯来圣经》里的文章也提到了。[19][20]居鲁士下达法令，允许俘虏回家，包括犹太人，允许俘虏在耶路撒冷重建聖殿。

在居鲁士和后来的波斯王大流士大帝统治下，巴比伦成为了第九辖区的首府（南方是巴比伦尼亚，北方是亚述）。它同样也是学习和科技进步的中心。在波斯阿契美尼德期间，古巴比伦的天文和数学的艺术重获新生，繁荣发展。巴比伦的学者完成了星座图。这个城市是波斯帝国——当时已知世界最强大的势力的行政首都。它在这个地区扮演了长达两个多世纪的重要角色。许多已经做出的重要的考古发现让人对那个年代有了更好的理解。[21][22]

早期波斯国王尝试去维持马尔杜克的宗教仪式。但是到了大流士三世时期，过高的赋税和频繁战争的制约导致巴比伦主要圣地和运河的破败，也导致了周围区域的分裂。叛变频繁地发生。在公元前522年（尼布甲尼撒三世），公元前521年（尼布甲尼撒四世）和公元前482年（贝尔-史玛尼（Bel-shimani）和沙玛什-俄日巴（Shamash-eriba））土著巴比伦人国王短暂地恢复了独立。可是这些叛乱相对很快地被镇压下去。巴比伦的城市和领土被波斯人稳固地统治了两个世纪，一直到公元前331年亚历山大大帝的到来。

希腊化时期

公元前331年，波斯帝国阿契美尼德王朝最后一任国王——大流士三世在高加米拉战役中被古马其顿希腊统治者亚历山大大帝击败。当年十月，巴比伦沦陷于年轻的征服者。这次侵略的当地记述指出亚历山大的统治不扰民。[23]

巴比伦在亚历山大的统治下恢复了作为学问与贸易中心的繁荣。但亚历山大在公元前323年死于尼布甲尼撒的宫殿，随后，他的将军们——继业者瓜分了他的帝国。然后战争持续了数十年，巴比伦又处在纷争的中心。

不断的动荡几乎掏空了巴比伦城。一块公元前275年的泥板记载巴比伦的居民被运送到塞琉西亚。这里在建造一座宫殿和以古代名字埃萨吉拉（Esagila）命名的庙宇。随着此次驱逐出境，巴比伦城市变得无足轻重了，尽管在超过一个世纪后，它的圣殿里仍在举行献祭仪式。[24]到公元前141年帕提亚帝国接管这片地区时，巴比伦城已经被彻底废弃了。

波斯萨珊帝国时期

在帕提亚人及后来萨珊波斯人的统治下，巴比伦（和亚述一样）作为波斯帝国的行省度过了九个世纪，直到公元650年。它一直拥有着它自己的文化和人民。这里的人说着各式各样的阿拉姆语，一直认为他们的家乡是巴比伦。他们文化产物的例子经常能够在巴比伦的塔木德，諾斯底曼底安宗教（Gnostic Mandaean religion）、东仪基督教（Eastern Rite Christianity）与摩尼教里找到。基督教在公元一、二世纪来到两河流域，阿拉伯伊斯兰征服前，巴比伦是景教的一个主教的所在地。

穆斯林的征服

在公元七世纪中叶，扩张中的阿拉伯帝国侵略、移民两河流域。伊斯兰化时期随之而来。巴比伦作为一个行省而被同化。尽管阿拉姆语和景教至今尚存（但更多地集中在伊朗北部的亚述人中），但是两者最终被边缘化。曼达主义（Mandeanism）的境遇也差不多。人种上土著的两河流域人、说东阿拉姆语的迦勒底天主教和亚述景教成员直至今日仍然认同巴比伦人/两河流域人/亚述人的身份。

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