日本二十六聖人紀念館（日语：日本二十六聖人記念館／にほんにじゅうろくせいじんきねんかん）是天主教會為了表彰紀念日本的殉教二十六聖人，在日本長崎縣長崎市設立的博物館。

本條目就該紀念館一體設施之「日本二十六聖人紀念聖堂」、「日本二十六聖人紀念碑」等做介紹，以下以「紀念館」、「聖堂」、「紀念碑」等簡稱表述之。