1534年10月，胡安·皮萨罗获得这块土地，将其给予一批来自墨西哥的多明我会传教士。圣多明我修道院的第一任院长是胡安·奥利亚斯。

建造工程历时数年，正式祝圣是在1633年。

1650年的地震对修道院造成严重破坏，印加太阳神殿却保存下来。重建工程一直持续到1680年。

教堂有三个通廊，一个圆顶，墙壁装饰着来自塞维利亚的瓷砖。1551年，美洲的第一所大学国立圣马尔科斯大学在此修道院创立。