聖母教堂建造的目的是為了替代一座更古老的教堂（建于12世纪）。這個提議是由巴伐利亞公爵西吉斯蒙德（Sigismund of Bavaria）所發起的，並由Jörg von Halsbach來設計。聖母教堂於1468年開始動工，兩座鐘塔於1488年完工。這座教堂後來在1494年落成。然而，教堂著名的圆顶塔楼直到1525年才最终建成. 其设计效仿了耶路撒冷的后拜占庭风格建筑Dome of the Rock。 这座教堂在二战期间遭到了严重的破坏，屋顶倒塌，双塔中的一座也被严重损毁。 战后，教堂的修复工作逐步展开，经历了数个阶段的大规模维修后，圣母教堂于1994年被彻底复原。