考古学研究表明索维拉自从史前时期就有人类居住。索维拉的海湾部分受到莫加多尔岛的遮蔽，抵御强海风，使之成为一个平静的海港。

索维拉长期以来被认为是摩洛哥海岸最佳停泊处之一。迦太基航海家汉诺在公元前5世纪来到这里，并建立了一个贸易点。大约在公元1世纪结束时或者公元1世纪早期，尤巴二世创建了一座泰尔紫染料工厂，分解索维拉潮间带岩石间的骨螺和紫色贝壳。这种紫色染料被用于罗马帝国元老院托加长袍的镶边。

16世纪，各种势力包括西班牙、英格兰、荷兰和法国都试图侵占索维拉，均为徒劳。索维拉依旧是糖、糖浆出口的港口和海盗停泊点。

如今的索维拉城建于18世纪。摩洛哥的穆罕默德三世希望将他王国的版图重新规划，延伸到大西洋边，以增加与欧洲势力的交易，选择莫加多尔作为主要位置。他命令他的奴隶，一位名叫泰奥多尔·科尔尼（Théodore Cornut）的法国工程师和其他几个欧洲的建筑师和技术人员来建造要塞和城市。

从尤巴二世到19世纪末期，索维拉一直是摩洛哥的重要港口，向世界提供跨撒哈拉贸易的货物。货物的运输路线从撒哈拉以南非洲到廷巴克图，之后穿过沙漠，越过阿特拉斯山脈抵达马拉喀什。从马拉喀什到索维拉的道路是一条直线。

之后，摩洛哥与阿尔及利亚的阿卜杜卡迪尔结盟抵抗法国。1844年8月16日，索维拉被弗朗索瓦·奥尔良指挥的法国海军炮击并占领。