扎叶巴寺位于拉萨市达孜县境内的扎叶巴沟，坐落在山崖之中。[1]相传，扎叶巴寺始建于7世纪，是吐蕃赞普松赞干布为其五妃兴建的五座道场之一（其他四座是大昭寺、小昭寺、查拉鲁普、帕邦喀），是为第三妃芒萨赤尊（又译“蒙氏尺姜”）公主所建，原为一座小神殿。后来，该寺几经扩建，形成了如今紧密嵌在崖缝壁间的扎叶巴寺。该寺也是西藏四大隐修地之一。民间有谚语称，“西藏的灵地在拉萨，拉萨的灵地在叶巴；到拉萨不到叶巴，等于做件新衣忘做领。”[1][2][3]

扎叶巴先后有松赞干布、莲花生、帕当巴桑杰、拉隆贝吉多吉、阿底峡等人在此闭关静修。据说，格萨尔王曾在此地活动，并且在后山留下的射箭穿石等遗迹。传统上称这里有一百零八个修行洞，但实际上大概只有八十个左右，创建于不同年代。从山脚仰望，整座山形好像一尊度母。[2]

历史上，此处曾有一座噶当派寺院，一座上密院结夏安居的专用道场，还有一座大约有300名僧人常住的格鲁派寺院，阿底峡曾在此说法，并留有露天法座遗迹。如今，噶当派寺院早已无存，上密院结夏安居的专用道场在1959年后仅存废墟。只有格鲁派寺院现已恢复。现在的扎叶巴寺，就是指该寺。[2]

2011年时，在扎叶巴格鲁派主宗，大约有60余名僧人；在各修行洞修行的尼姑大约有70余名。[1]